Altajs flagg er vannrett delt i fire hvite og lyseblå striper av varierende tykkelse (67:4:4:25). Den hvite fargen symboliserer trofasthet og gjensidig forståelse mellom de ulike folkegruppene i republikken Altaj. Den blå fargen står for himmelens, fjellenes, elvenes og innsjøenes renhet.
Flagget ble innført 2. juli 1992. Etter først å ha hatt forholdet 1:2, er flagget siden 1994 i størrelsesforholdet 2:3.