Birmingham City
Han begynte sin karriere hos Birmingham City, der han fikk et tilbakeslag, når han misset en straffe i en straffesparkkonkurransen i Ligacupen 2001 mot Liverpool, og dermed sendte laget sitt ut av konkurransen.
Etter bare noen få bemerkelsesverdige opptredener ble han solgt til Crystal Palace i 2002, etter at the Blues rykket opp i Premier League. Johnson ble brukt som bytte i handelen av Clinton Morrison, og var prissatt til £750,000.
Crystal Palace
Han skåret et hat-trick i en 5-0 seier over rivalene Brighton & Hove Albion den 26. oktober 2002, og så et nytt et i den neste kampen mot Walsall.
Under ledelse av den nye manageren Iain Dowie, begynte ettervert Johnsons spill å bli svært mye bedre. Han endte som toppskårer i 2003-04 i Football League First Division med 32 mål. Palace nådde Playoff og ble forfremmet til Premier League for 2004-05 sesongen etter at de slo West Ham United 1-0 i playoff-finalen, fem måneder etter at de hadde vært på 19.-plass.
Trass i at Palace rykket rett ned igjen sesongen etter, ble Johnson engelsk toppskårer i serien, nest mest totalt. Selv om kritikere av Johnson bemerket at åtte av disse målene kom på straffespark, der han selv «sørget for» syv av disse.
Johnson truet med å forlate klubben etter nedrykket, men den 2. august 2005, signerte Johnson en femårs kontrakt med Palace for en kraftig økning i lønningen (ca. £24,000 pr uke, noe som gjorde han til den høyest betalte spilleren utenfor Premier League).
Fulham
I juli 2008 aksepterte Everton et bud på et «åtte-siffret tall» fra Fulham for Johnson. Det ble meldt at det var problemer i forbindelse med hans medisinske sjekk, noe som kunne føre til en reforhandling av overgangssummen, men overgangen ble gjennomført 7. august 2008, og Johnson signerte en fire årskontrakt, i en overgang i størrelsesorden av 10,5 millioner pund.
I januar 2015 gikk hans kontrakt ut med Crystal Palace FC.
Bedford, England