Baguirmi var en stat som vokste frem sørøst for Kanem-Bornu på 1500-tallet.
Under Abdullah IV (1568–1598) ble islam innført og riket ble et sultanat. Hovedstaden Massenya ble med tiden setet for en domstol.
I 1893 ble riket erobret av Rabih az-Zubayr. Opprøret ble slått ned av franske styrker, og Baguirmis oppnådde da status som fransk protektorat. Baguirmi har fortsatt status som et tradisjonelt høvdingskap overfor Tsjads administrative myndigheter.