Militær
Benjamin Lincoln arbeidet seg også oppover i gradene i den lokale militsen til han ble oberstløytnant i 1772. Han ble forfremmet til brigadegeneral i 1776, så generalmajor før han ble kommandant over alle styrkene i Boston-området. Etter at britene evakuerte Boston, sluttet Lincoln seg til general George Washington i New York og ledet den høyre vingen i slaget ved White Plains. Kort tid etter at han deltok i kamper ved Fort Independence, fikk han stillingen som generalmajor i den kontinentale armé.
Lincoln beveget seg sørover med general Washington og ble så sendt til den nordlige avdelingen for å hjelpe til mot generalmajor John Burgoynes felttog. Etter at han kom seg fra en alvorlig skade, ble Lincoln utnevnt til kommandant i den sørlige avdelingen i september 1778. Han mislyktes i å ta tilbake Georgia, ble omringet og tvunget til å overgi Charleston i mai 1780. Det var et av de verste kontinentale nederlagene i krigen og han ble nektet ære i krigen siden han overga seg.
Etter at han ble utvekslet, returnerte Lincoln snart til Washingtons hovedarmé og ledet den til og med til Virginia der han spilte en betydelig rolle i overgivelsen ved Yorktown den 20. oktober 1781. General Charles Cornwallis ble så ydmyket av nederlagene for «kolonifolket» at han nektet å personlig overgi sitt sverd til general Washington. Han sendte sin nestkommanderende, general Charles O'Hara, i sitt sted. Som svar på dette, sendte Washington sin underordnede, generalmajor Lincoln, for å ta i mot sverdet til Cornwallis etter nederlaget ved Yorktown.
Lincoln hjalp senere til med å slå ned Shays' opprør i 1787. Han forble aktiv i det offentlige liv i forskjellige former til han trakk seg tilbake i 1809. Han døde i Hingham i 1810.
