Handling
En kvinne, uten noen minner om sin egen fortid, blir funnet naken av FBI på Times Square i New York inne i en stor reiseveske med kroppen fullstendig dekket av intrikate tatoveringer. Hun vet ikke hva hun heter, hvordan hun havnet på Times Square, og hvem som ga henne alle tatoveringene. Oppdagelsen av denne kvinnen setter i gang et bredt og komplekst mysterium som umiddelbart fanger oppmerksomheten til FBI, og de oppdager at hver tatovering inneholder en ledetråd til en forbrytelse som er i ferd med å skje i fremtiden. Dette fører dem etter hvert til en omfattende konspirasjon, så de må løse hver eneste tatovering for å beskytte USA. Fra da av slutter hun seg til en gruppe FBI-agenter som består av Kurt Weller, Natasha Zapata, Edgar Reade og William Patterson, og underveis oppdager kvinnen at hun har en rekke ferdigheter - deriblant ferdigheter med skytevåpen og nærkamp - som kan hjelpe FBI med å utføre oppdragene deres. Samtidig forsøker kvinnen å oppdage sannheten om sin egen identitet. Men over tid viser det seg at hun faktisk var medlem av en terror-organisasjon kalt Sandstorm, som planlegger et storstilt angrep mot USA.
Organisasjonen kontakter henne, og forteller at det hele opprinnelig var hennes egen idé. Men at hun ikke husker noe av dette skyldes et stoff som ble gitt henne og også var en del av planen deres. Litt etter litt lærer hun mer om sin egen fortid. Hun møter også broren Roman sin og stemoren hennes, som er leder for Sandstorm. Hun kaller seg Shepherd og hun hadde oppdratt de foreldreløse Jane og Roman, og trene dem om til å bli mordere. Tilsynelatende er de kriminelle, men Sandstorm har lenge avdekket saker hvor CIA og FBI ikke har fulgt gjeldende lov og opptrer kriminelt. Derfor ønsker Sandstorm å bekjempe myndighetenes urettferdighet og korrupsjon. Snart vet ikke kvinnen lenger hvem som er de snille og hvem de slemme er - og hvem hun burde stole på. Hun blir en uvillig dobbeltagent, for både FBI og Sandstorm. Det viser seg at Sandstorm har en hemmelig undercover-agent hos FBI, og Sandstorm oppdager at hun er lojal mot FBI. Roman kan ikke få seg til å skyte søsteren sin fordi hun ikke er trofast om dem, så Shepherd kommer til å drepe dem begge. De klarer å rømme og hun injiserer Roman med det samme stoffet som gjorde at hun mistet hukommelsen i begynnelsen av TV-serien. Han husker derfor nesten ingenting, men han tror imidlertid at det var Shepherd som tok fra ham hukommelsen. Roman begynner deretter med å hjelpe FBI, og bekjempe Sandstorm. Men terroristene er alltid et skritt foran dem, og det storstilte terror-angrepet er nært forestående.
