Han ble deretter utnevnt til øverstkommanderende for de allierte styrkene i Midtøsten i juli 1941. Han erstattet general Archibald Wavell, som ble øverstkommanderende for den britiske hæren i India.
Auchinleck overtok kommandoen mens de britiske styrkene sto inne i Libya ved Al Agheila (januar 1942) men de ble tvunget til retrett til Egypt av Rommels styrker. Den tyske fremgangen ble stoppet ved El Alamein. I løpet av sin tid i Nord-Afrika slet han stort med dårlige underordnede konservative offiserer, og prøvde å få infanteriet og panserstyrkene til å kjempe sammen etter tysk mønster.[trenger referanse] Tidlig i 1942 skrev Auchinleck til sine offiserer at de helt måtte slutte å snakke om Rommel. Han håpet dette kunne styrke de britiske troppenes moral.
På samme måte som sin forgjenger Wavell og fienden Rommel måtte han slite med konstant innblanding fra politisk hold. Winston Churchill ville ha ham til å organisere en ørken-offensiv mot Rommel. Dette nektet Auchinleck å gå i gang med før hans styrker var klare for det. Av den grunn måtte han fratre i august 1942. Ironisk nok ble han erstattet av Bernard Montgomery som også nektet å forhaste seg i en så dristig ekspedisjon, og tok seg enda bedre tid enn Auchinleck.
Churchill tilbød Auchlinleck kommandoen over de allierte styrkene i Persia og Midtøsten (som var fjernet fra Alexanders ansvarsområde). Men Auchinleck avslo, kanskje fordi denne stillingen var besatt av en nær venn av han Edward Quinan.[trenger referanse] I stedet dro han til India der han var «arbeidsledig» frem til 1943, da han ble øverstkommanderende for den indiske hæren. Han likte ikke lord Mountbattens politikk i India, blant annet delingen av India i Pakistan og India, og pensjonerte seg i 1947.
Han har blitt beskrevet som en jordnær general.[trenger referanse] Han mislikte stort pomp og prakt.[trenger referanse] Han var også populær hos sine soldater og respektert av sine fiender.[trenger referanse] Rommel og Auchinleck speilte på mange måter hverandres situasjon: Begge var kjent for sin menneskelighet, hederlighet og skikkelig behandling av krigsfanger; begge led under det konstante presset fra overordnede som selv satt fjernt fra frontene.
