Football Club Flora Tallinn er en estiskfotballklubb. Klubben er basert i Tallinn, og er Estlands største idrettslag. Flora Tallinn ble stiftet i 1990 og har blitt estiske seriemestre ni ganger og cupmestre fem ganger. Klubbens hjemmebane er A. Le Coq Arena. I 2005 ble Flora Tallinn nummer fire i Meistriliiga (nivå 1), og kom utenfor medaljeplass for første gang på 12 år. I 2010-sesongen ble de igjen mestere, det ble de også i 2011.