Rasehygieniker
Sammen med sin lærer ble han i 1909 som cand. med. medlem av og lokal sekretær for den stedlige gruppe av det internasjonale Gesellschaft für Rassenhygiene. Der ble han kjent med Alfred Ploetz og ble hans student. Han avla medisinsk statseksamen i Freiburg i 1912. Samme år ble han under Ludwig Aschoff promovert til doktorgraden med arbeidet Über die krankhaften Erbanlagen des Mannes und die Bestimmung des Geschlechts beim Menschen.
Under første verdenskrig arbeidet Fritz Lenz som hygieniker i krigsfangeleiren Puchheim og bodde i Eichenau. I 1919 habiliterte Lenz seg ved Universitetet i München i faget hygiene hos Max von Gruber med arbeidet Erfahrungen über Erblichkeit und Entartung an Schmetterlingen, som bygget på studiet av sommerfugler han hadde fanget i området rundt Eichenau.
Sammen med Erwin Baur og Eugen Fischer utgav Lenz i 1921 Grundriss der menschlichen Erblichkeitslehre und Rassenhygiene. Lenz mente at den tyske nasjon er den nordiske rases siste fristed. Verket ble den tyske raselæres mest sentrale verk. Hans bidrag «Menschliche Erblichkeitslehre» undersøker raseforskjeller. Verket vakte også interesse i fagkretser i Skandinavia. Adolf Hitler, som leste boken mens han satt i fangenskap på Landsbergs festning, siterer verket i Mein Kampf.
For Fritz Lenz kunne men ved hjelp av humangenetikken fastslå at forbindelsen mellom raseidentitet og menneskenaturen var fysisk av karakter. Dette gjorde seg til og med gjeldende i politiske tilbøyeligheter - han mente således at den revolusjonære agitasjon i Tyskland etter 1918 far forårsaket av laverestående rasemessige elementer, og advarte at nasjonens rasemessige overlegenhet var truet. Han slo fast at «Den tyske nasjon er den nordiske rases siste tilfluktssted ... foran oss ligger verdenshistoriens største oppgave». Hans standpunkter støttet dermed Det tredje rikes rasepolitikk.
Han forsvarte Nürnberglovene av 1935 slik:
- Selv om de ytre trekk er viktige for evalueringen av individets arvelinje, er en blond jøde like fullt en jøde. Ja, det finnes jøder som har ytre trekk som fremstår som den nordiske rases, men som likefullt har jødiske mentale tilbøyeligheter. Den nasjonalsosialistiske stats lovgivning definerer derfor med rette jøden ikke ut fra de ytre rasekarakteristika, men etter avstamning.
På lignende måte var Lenz av den mening at slavere var underlegne de nordiske folk, og at de truet med å «overvelde det overlegne folk». I 1940 fremholdt Lenz for SS at «bosettingen i østområdene er ... rasepolitikkens aller viktigste oppgave. Den vil avgjøre den rasemessige karakter i den befolkning som bor der for mange århundrer».
Lenz' og Hans F.K. Günthers teorier influerte Reichsführer-SS Heinrich Himmler, da denne begynte å realisere den nazistiske eugenikk i praktisk politikk. Dette skjedde på den ene side ved seleksjonsavl innen SS, og på den andre side ved Einsatzgruppens masseskytinger, eutanasiprogrammet Aktion T4 og tilntetgjørelsesleirene Auschwitz, Bełżec, Chelmno, Majdanek, Sobibor og Treblinka.
Fritz Lenz skrev forordet til den alment utgitte versjon av teologen Wolfgang Stroothenkes dissertasjon Erbpflege und Christentum. Bokutgaven ble forøvrig i 1941 oppført på Vatikanets Index over forbudte bøker. Ifølge en rapport fra den tyske ambassade ved Den hellige Stol var begrunnelsen Vatikanets strikte avvisning av eutanasi og sterilisering. I boken hadde Stroothenke, som selv var lutheraner, blant annet henvist til Martin Luther for å styrke de nazistiske holdninger til avliving av «livsuverdig liv» (eutanasiprogrammet Aktion T4). Han gjengav Luthers møte med et tolvårig åndssvakt barn, og at Luther var av den mening at det beste ville være å drukne det. «Slike vesen er bare et stykke kjøtt og har ingen riktig sjel».
