

Kit Kat i Japan er en sjokolade med spesiell status. Det har vært produsert mer enn 300 sesong- og regionbaserte spesialutgaver av Kit Kat i Japan siden 2000. Nestlé, som forvalter varemerket i Japan, kunngjorde at Kit Kat overtok for Meiji sjokolade som landets bestselgende sjokolade fra 2012 til 2014. Konsernets markedsføringskampanje, som foregikk i samarbeid med Japan Post Service for å selge sjokoladen gjennom 20 000 postkontorer, vant en pris i 2010. Reklamekampanjen oppfordret assosiasjoner med sjokoladens navn til det tilfeldige kognatet Kitto Kattsu (きっと勝つ), oversatt som «Du vill garantert vinne», og postlegges som en lykkeamulett for studenter før universitetseksamener.
Kit Kat ble lansert i Japan i 1973 da Rowntree's inngikk en avtale med Fujiya. Per 2014 var Kit Kat Japans mestselgende sjokolade. Kit Kat overtok førsteplassen fra Meiji sjokolade i 2012.
I 2004 ble det lansert Kit Kat med smak av grønn te. Siden har produktet blitt solgt i mer enn 300 sesong- og regionbaserte smaker. Sjokoladens bestselgende smak i 2010 var soyasaus. Nestlé tilskriver suksessen med smaksvariasjonene i Japan til tradisjonen med omiyage, der familiemedlemmer og kolleger tar regionale spesialiteter med tilbake fra reiser. Konsernet mener at de begrensede spesialutgavene av Kit Kat skaper en «begrensning og sjeldenhet i verdi» for kunder.

Butikkjeden Kit Kat Chocolatory, med oppskrifter utviklet av konditor Yasumasa Takagi, åpnet i 2014, med utvidelse til syv utsalg per 2015. Kjeden hevder å ha servert mer enn 1 million kunder og tjent mer enn 2 milliarder japansk yen. Disse butikkene selger Kit Kat-spesialprodukter slik som bringebærinjisert mørk sjokolade, appelsinsjokoladerom og sakura-matcha (grønn te). En rekke av Takagis smaksvarianter er blitt lansert som sesongprodukter, inkludert smaker som «plomme, pasjonsfrukt og chilli, ingefær og kinako». I 2016 lanserte Nestlé en Kit Kat-sake, som kombinerer sakepulver med hvit sjokolade.
Noen varianter er begrenset til en bestemt region forbundet med den enkelte sjokoladen. Andre lanseres med begrenset varighet, der restproduktene spares til bruk i fukubukuro. I 2015 ble det solgt 500 stykker av en bitter sjokolade med bladgullinnpakning i luksusbutikker.
Andre bemerkelsesverdige varianter inkluderer rødbønnepasta, beni imo (purpur søtpotet), brun sukkersirup, matcha (grønn te), og soyasaus.
Kafeen Pronto har lansert croissanter med Kit Kat. Pizzakjeden Napoli no Kama og Strawberry Cones lanserte dessertpizza med Kit Kat-topping i mars 2014.