Knottenfjorden er en fjord i Flatanger kommune i Trøndelag. Fjorden strekker seg 3 kilometer sørøstover til gården Fjellheim i Knottbukta.
Fjorden har innløp mellom Storkløvningen i vest og Bårdvikodden i øst. Knottbukta er en bukt i den indre delen av fjorden som grenser til gården Knotten på nordsiden. Vest for Knotten, på andre siden av fjorden, ligger gården Vollan.