Metanogener er mikroorganismer som produserer metan som et metabolsk biprodukt i anoksiske forhold. De er klassifisert som arkebakterier, en gruppe ganske forskjellig fra bakterier. De er vanlig i våtmarksområder hvor de er ansvarlige for myrgassene, og i fordøyelsessystemet hos dyr som for eksempel drøvtyggere hvor de er ansvarlige for metaninnholdet i raping og hos mennesker hvor de er ansvarlige for luft i magen.