Molloydypet er et batymetrisk punkt på grensen mellom Polhavet og Grønlandshavet. Her ligger det dypeste punktet i Polhavet på rundt 5600 meter under havflaten.
Molloydypet ligger i Framstredet mellom det nordøstlige Grønland og Svalbard. Det ligger i Molloy-forkastningssonen som strekker seg i retning sørøst-nordvest. Fra Molloydypet stiger Molloyryggen mer enn 3600 meter opp i omtrent 70 kilometers lengde mot nordøst. I likhet med Molloy-forkastningssonen er den en del av den komplekse overgangssonen mellom Knipovichryggen i sør og Gakkelryggen i nord. Denne delen av Midt-Atlanterhavsryggen forekommer det uvanlig mange undersjøiske jordskjelv.
Regnet fra den ytre kanten, som ligger omtrent 2700 meter under havnivået, dekker Molloydypet et areal på rundt 600 km². Bortsett fra i nord går skråningene ned med en stigning på 10–30° til den rundt 220 km² store og relativt flate bunnen av bassenget. I nord heller skråningen relativt svakt, noe som tolkes som et resultat av et undersjøisk skred kalt Molloyskredet, som kan ha transportert 65 km³ med sedimenter inn i Molloy-forkastningssonen og Molloydypet. Anslagene for Molloydypets dypeste punkt varierer; Ekkoloddundersøkelser i 2018–2019 ga en dybde på 5551 ±14 meter, mens eldre estimater varierer fra 5573 til 5770 meter.
Molloydypet ble oppdaget i 1972 under et tokt med det amerikanske forskningsskipet «Hayes» og er oppkalt etter vitenskapsmannen Arthur E. Molloy, som utforsket Nord-Atlanteren, Nord-Stillehavet og Polhavet mellom 1950 og 1980. Den eneste personen som har besøkt Molloy-dypet er Victor Vescovo som i august 2019 nådde bunnen med sitt undervannsfartøy «Limiting Factor» som en del av sin Five Deeps-ekspedisjon.