Patogen (av pato-, fra gresk pathos, «lidelse», og -gen, via fransk -gène, fra gresk genos, «avstamning, opphav») er et biologisk eller medisinsk begrep som brukes om det som er sykdomsfremkallende, det som forårsaker sykdommer, vanligvis bakterier og virus. Adjektivet patogen er synonymt med «sykdomsfremkallende». På samme måte brukes begrepet patogenese om hvordan en sykdom oppstår, utvikler seg og forløper. Et patogen kan også bli referert til som et smittestoff, eller ganske enkelt en bakterie.
Begrepet patogen kom i bruk på 1880-tallet. Vanligvis brukes begrepet patogen for å beskrive en smittsom mikroorganisme eller et middel, slik som et virus, en bakterie, en protozo, prion, viroid eller sopp. Parasittiske organismeer (snyltere), som små dyr og insekter, kan også forårsake eller overføre sykdom. Imidlertid blir disse dyrene vanligvis referert til som parasitter i stedet for patogener. De vitenskapelige studier av mikroskopiske organismer, inkludert mikroskopiske patogene organismer, kalles mikrobiologi, mens parasittologi refererer til de vitenskapelige studier av parasitter og organismene som er vert for dem.
Patogener eller patogene organismer, er en betegnelse på sykdomsfremkallende mikroorganismer, særlig sykdomsutløsende bakterier til forskjell fra alle andre bakterier som ikke har med sykdom å gjøre. Bakterier og virus som ikke er sykdomsfremkallende kalles gjerne apatogen.
