Subfossil (av latinens sub, «under», og fossilis, «oppgravd») er ben og vekstdeler som bare delvis er blitt forvandlet til fossil. Iblant kan det være levninger etter organismer som finnes enn i dag, men det kan også være helt utdødde arter.
I forskningen er subfossiler svært takknemlige å arbeide med, blant annet fordi
- det kan være mulig med radiokarbondatering (karbon 14-datering);
- det kan være mulig å finne DNA-sekvenser;
- det kan være mulig å foreta andre biomolekulære undersøkelser (proteiner og annet);
- det kan være mulig å finne informasjon om paleomiljø og andre miljøbetingelser på aktuell tid og omgivelse.
Som eksempel på givende forskning på subfossiler kan nevnes både mesozoikumtidsfunn (svært sjeldne, skjøre og derfor heftig omdiskuterte) og især de langt mer vanlige kvartærtidsfunn - av fjærmyggens ansiktskapsler, og deler av muslingkreps, kiselalger og poredyr. Det kan også sies om subfossiler av halvaper fra nordøstlige Madagaskar, palaeopropithecus fra samme miljø, og sylviornis neocaledoniae fra Ny-Caledonia.