Väinameri er sundet mellom Estlands fastland og øyene i Østersjøen. Väinameri har en gjennomsnittsdybde på kun 5 meter, og vannet er mindre saltholdig enn resten av Østersjøen, noe som også påvirker økosystemene. Väinameri inngår for en stor del i et verneområde.
Det estiske navnet Väinameri betyr «sundhavet» og ble først tatt i bruk av estiske geografer i 1930-årene. Det historiske svenske navnet Moonsund viser til øya Muhu (svensk: Moon) lengst sør i sundet.