Gatunek po raz pierwszy opisał w 1888 roku włoski ornitologTommaso Salvadori, nadając mu nazwę Cypselus myoptilus. Jako miejsce typowe odłowu holotypu Salvadori wskazał Let Marefię w Szeua w Etiopii. Holotypem była młodociana samica odłowiona 10 października 1886 roku. Jedyny przedstawiciel rodzaju Schoutedenapus opisanego w 1968 roku przez belgijskiego ornitologa Antoona Emerica Marcela De Roo. Wyróżniono trzy podgatunki.
Wyróżniany przez niektóre ujęcia systematyczne S. schoutedeni (Prigogine, 1960) (afrojerzyk kongijski) według badań Fishpoola z 2019 roku, jest prawdopodobnie ciemno upierzonym młodym ptakiem należącym do podgatunku chapini; również traktowanie S. schoutedeni jako podgatunku S. myoptilus jest wysoce nieprawdopodobne.
myoptilus: gr.μυςmus, μυος muos „mysz” (tj. szary jak mysz); πτιλον ptilon „upierzenie”.
poensis: wyspa Fernando Póo lub Fernando Pó, Zatoka Gwinejska (obecnie Bioko, Gwinea Równikowa). Wyspa została zaobserwowana przez portugalskiego nawigatora Fernão do Pó w 1470 roku.
Długość ciała 16–17 cm; masa ciała samców 28–29,5 g, samic 22–30 g. Obie płcie są do siebie podobne.
Status zagrożenia
IUCN uznaje afrojerzyka mysiego za gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern). Liczebność światowej populacji nie została oszacowana, ale w obrębie swego zasięgu występowania ptak ten rozmieszczony jest bardzo nierównomiernie. Ze względu na brak dowodów na spadki liczebności bądź istnienie poważnych zagrożeń dla gatunku BirdLife International ocenia trend liczebności populacji jako prawdopodobnie stabilny.
12A.E.M. de Roo.Taxonomie notes on swifts, with description of a new genus (Aves: Apodidae).„Revue de Zoologie et de Botanique Africaines”.77,s.413,1968.(ang.).
12BirdLife International, Schoutedenapus myoptilus, [w:] The IUCN Red List of Threatened Species 2019, wersja 2026-1 [dostęp 2026-09-24](ang.).
123Systematyka i nazwy polskie za: P. Mielczarek & M. Kuziemko:Plemię: Apodini Olphe-Galliard, 1887 (wersja: 2024-10-02).[w:] Kompletna lista ptaków świata [on-line].Instytut Nauk o Środowisku Uniwersytetu Jagiellońskiego.[dostęp 2025-01-15].