Do rodzaju Crocodylus zaliczano również gatunki opisane w oparciu o skamieniałości pochodzące z kredy, co sprawiło, że Crocodylus bywa postrzegany jako prastary i ewolucyjnie konserwatywny rodzaj. Cechy na podstawie których przypisywano mezozoiczne szczątki do tego rodzaju to jednak głównie plezjomorfie i jako takie nie są filogenetycznie informatywne. Nowsze analizy genetyczne jednoznacznie wskazują, że Crocodylus to znacznie młodsza radiacja, a poziom zróżnicowania genetycznego pomiędzy współczesnymi przedstawicielami rodzaju jest bardzo niski. Badania genetyczne i morfologiczne sugerują, że krokodyl wąskopyski oddzielił się linii ewolucyjnej prowadzącej do pozostałych Crocodylus około 12–24mln lat temu i jest od nich na tyle odmienny, że zasadne staje się zaliczenie go do odrębnego rodzaju Mecistops, a nie Crocodylus.
Etymologia
Crocodylus: łac.crocodilus „krokodyl”, od gr.κροκoδιλοςkrokodilos lub κροκoδειλος krokodeilos „krokodyl”.
Champse: gr. χαμψα khampsa „krokodyl”, od egipskiej nazwy oznaczającej krokodyla. Gatunek typowy: Crocodilus biscutatusCuvier, 1807 (= Crocodilus acutusCuvier, 1807).
Oopholis: gr. ωον ōon „jajo”; φολις pholis, φολιδος pholidos „rogowa łuska”. Gatunek typowy: Crocodilus oopholisSchneider, 1801 (= Crocodilus porosusSchneider, 1801).
Palinia: etymologia niejasna, Gray nie wyjaśnił znaczenia nazwy rodzajowej. Gatunek typowy: Crocodilus rhombiferCuvier, 1807.
Bombifrons: gr. βομβος bombos „brzęczenie”; łac.frons, frontis „czoło”. Gatunek typowy: Crocodilus bombifronsGray, 1844 (= Crocodilus palustrisLesson, 1831).
Temsacus: etymologia niejasna, Gray nie wyjaśnił znaczenia nazwy rodzajowej. Gatunek typowy: Crocodilus intermediusGraves, 1819.
Philas: etymologia niejasna, Gray nie wyjaśnił znaczenia nazwy rodzajowej, być może od gr. φιλος philos „miłośnik”, od φιλεω phileō „kochać”. Gatunek typowy: Crocodilus johnsoniKrefft, 1873.
Podział systematyczny
Do rodzaju należą następujące gatunki żyjące współcześnie:
↑Christopher A.Brochu.Phylogenetic approaches toward crocodylian history.„Annual Review of Earth and Planetary Science”.31,s.357–397,2003. DOI: 10.1146/annurev.earth.31.100901.141308.(ang.).
↑L. Rex McAliley, Ray E. Willis, David A. Ray, P. Scott White, Christopher A. Brochu, Llewellyn D. Densmore III.Are crocodiles really monophyletic?—Evidence for subdivisions from sequence and morphological data.„Molecular Phylogenetics and Evolution”.39(1),s.16–32,2006. DOI: 10.1016/j.ympev.2006.01.012.(ang.).