Fernando rozpoczął swoją profesjonalną karierę w 1958 roku, wówczas występował w barwach zespołu Faema-Guerra.
Do zakończenia swojej kariery w 1968 roku Fernando wygrał ponad 40 etapów we wszystkich wyścigach w tym 5 krotnie wygrywał etapy tzw "Wielkiego Touru" 3 krotnie Tour de France oraz 2 krotnie Vuelta Espana.
Fernando Manzaneque zmarł 5 czerwca 2004 roku w Alcázar de San Juan w wieku 70 lat.
Sukcesy
3. miejsce w klasyfikacji generalnej Vuelta Espana 1958
wygranie 17 etapu Vuelta Espana 1959
wygranie 19 etapu Tour de France 1960
6. miejsce w klasyfikacji generalnej Vuelta Espana 1960
6. miejsce w klasyfikacji generalnej Tour de France 1961
7. miejsce w klasyfikacji generalnej Vuelta Espana 1961
8. miejsce w klasyfikacji generalnej Vuelta Espana 1962
wygranie 16 etapu Tour de France 1963
6. miejsce w klasyfikacji generalnej Vuelta Espana 1964
4. miejsce w klasyfikacji generalnej Vuelta Espana 1965
wygranie 6 etapu Vuelta Espana 1965
10. miejsce w klasyfikacji generalnej Tour de France 1966