Karierę zawodową rozpoczął w 1994 w barwach grupy Polti, później reprezentował Team Deutsche Telekom (od 1997) i Team Gerolsteiner (od 2001). Wielokrotnie był mistrzem Austrii, zarówno w wyścigu szosowym ze startu wspólnego, jak i w jeździe indywidualnej na czas. Startował we wszystkich wielkich tourach, kilkakrotnie kończąc je w czołowej dziesiątce. W lipcu 2005 wygrał XIV etap Tour de France; było to dopiero drugie etapowe zwycięstwo Austriaka w historii Tour de France (poprzednikiem Totschniga był Max Bull w 1931), a zarazem pierwsze w historii zwycięstwo reprezentanta grupy Gerolsteiner w tym wyścigu.