Po studiach zamieszkał we Lwowie, gdzie miał pracownię. W latach 1888–1890 zamieszkiwał w Kielcach w pałacyku na Wzgórzu Karscha. Od 1900 r. zamieszkał w Paryżu, a od 1910 we Włoszech (na wyspie Capri). Razem z pielgrzymką polską, 11 kwietnia, w Wielką Sobotę, uczestniczył w audiencji u papieża. 28 kwietnia 1925 rano zastano go w łóżku martwego.
Miał dwóch synów, także artystów malarzy: Tadeusza (1889-1954) i Adama (1890–1959), oraz córki Marię, Zofię i Janinę.
Po pogrzebie w Rzymie tymczasowo został pochowany na rzymskim cmentarzu Campo Verano.
Obrazy artysty
Malował obrazy historyczne, religijne i batalistyczne. Namalował cztery panoramy:
1897 – Panoramę Siedmiogrodzką (obraz zwany także Bem – Petőfi) – przetrwała we fragmentach. Odnalezione i zidentyfikowane części znajdują się w Polsce (m.in. w Tarnowie), USA, Wielkiej Brytanii,
1896 – panoramę o tematyce religijnej pt. Golgota (zwany też po angielsku „The Crucifixion” – Ukrzyżowanie) uznawaną za największy obraz o tematyce religijnej na świecie. Obecnie znajduje się w Forest Lawn Memorial Park, Glendale, koło Los Angeles w Kalifornii.
„Polonia” – wielkoformatowy obraz uroczyście zaprezentowano 3 maja 1891 r. we lwowskim ratuszu z okazji 100. rocznicy uchwalenia Konstytucji 3 Maja. „Polonia”, alegoria Polski, została przedstawiona jako przykuta do skały niewiasta, u której stóp leżą ofiary walk o niepodległość Polski. W centrum obrazu ukazano Tadeusza Kościuszkę. Poza nim Jan Styka umieścił w swojej kompozycji także m.in. Jana Kilińskiego, Jana Henryka Dąbrowskiego, ks. Józefa Poniatowskiego i Adama Mickiewicza. Liczne reprodukcje całego malowidła lub jego fragmentów ukazywały się na ziemiach polskich wszystkich trzech zaborów, m.in. w postaci pocztówek. Obecnie obraz znajduje się w zbiorach Muzeum Narodowego we Wrocławiu.
(1901-1903) seria obrazów-ilustracji do książki Henryka Sienkiewicza Quo vadis, a także do Iliady oraz Odysei Homera
(1919) – „Polska wyzwolona”
„Biały orzeł polski na froncie francuskim”
„Neron z tygrysem”, znany również jako „Neron w Baiae”