Karel Kuffner (ur. 5 grudnia 1858 w Mirovicach, zm. 22 lutego 1940 w Pradze) – czeski lekarz psychiatra, profesor na czeskim Uniwersytecie w Pradze, autor pierwszego podręcznika psychiatrii w języku czeskim (1897), w którym wprowadził czeską terminologię psychiatryczną. Uznawany jest za ojca naukowej psychiatrii w Czechach.
Ukończył studia na Uniwersytecie Karola w Pradze, następnie studiował u Theodora Meynerta w Wiedniu. Od 1900 do 1929 profesor zwyczajny psychiatrii na czeskim Uniwersytecie w Pradze.
Był autorem wielu prac w języku czeskim i niemieckim. Wprowadził pojęcie „schizoformit”, odnoszące się do przypadków rzekomej schizofrenii. W swojej klasyfikacji chorób psychicznych dokonał podziału otępień na pierwotne i wtórne, wprowadził terminy dementia simplex consecutiva (odpowiadający mniej więcej stosowanemu wówczas pojęciu dementia praecox), dla stanów otępienia przebiegających bez objawów psychotycznych stosował określenie dementia praecox primitiva.
Uczniami i współpracownikami Kuffnera byli m.in. Jan Janský, Antonín Heveroch, Zdeněk Mysliveček, Ladislav Haškovec, Leo Taussig, Karel Bělohradský i Hubert Procházka. Współpracował z redakcją „Ottůva Slovníku”
Jego braćmi byli pisarz Hanuš Kuffner (1861-1929) i dziennikarz Josef Kuffner (1855-1928).