Jest absolwentką Uniwersytetu Jagiellońskiego, na którym na podstawie dysertacji pt. Logika formalna przed Arystotelesem 19 listopada 1998 otrzymała stopień doktora nauk humanistycznych w zakresie filozofii. Promotorką jej pracy doktorskiej była prof. Ewa Żarnecka-Biały.
W 2005 roku wydała elektroniczną wersję Herbarza polskiegoAdama Bonieckiego (1842–1909) z własnymi hipertekstowymi indeksami. Opublikowana w tym samym roku w Internecie praca Minakowskiej pt. Ci wielcy Polacy to nasza rodzina (w latach 2009–2024 pod nazwą Wielka Genealogia Minakowskiego), zawierająca informacje o ponad milionie (stan na lipiec 2022) powiązanych ze sobą rodzinnie osób (od X wieku) i jest aktualizowana i rozbudowywana. Minakowska jest twórczynią serwisu Genealogia Potomków Sejmu Wielkiego, poświęconego potomkom posłów i senatorów uczestniczących w obradach Sejmu Wielkiego, zawierającego dane ponad 133 tysięcy osób (stan na lipiec 2022).
W kwietniu 2006 roku, razem z żoną Anną Lebet-Minakowską i Januszem Janotą-Bzowskim, została współzałożycielką Stowarzyszenia Potomków Sejmu Wielkiego i objęła funkcję marszałka, którą pełniła przez kilka lat, do czasu wyboru Andrzeja Krzyżanowskiego.
W 2022 roku założyła internetowy serwis Nekrologia.Wielcy.pl, gdzie publikuje skany oraz informacje o nekrologach.
Urodziła się jako Marek Jerzy Minakowski w rodzinie Jerzego Minakowskiego (1942–2018) i Wiesławy z Kraszewskich (1948–2012). Jest wnuczką prof. Wacława Minakowskiego (1913–1994). 28 maja 1994 roku w Krakowie, jako Marek Minakowski, zawarła związek małżeński z archeolożką Anną Lebet. W 2006 roku urodziła się ich córka, Sara Lebet-Minakowska. Małżeństwo zakończyło się rozwodem w 2024 roku.
W 2024 roku dokonała coming outu jako transkobieta i rozpoczęła proces tranzycji płciowej. We wpisie na stronie prywatnej w październiku 2024 roku i wywiadzie udzielonym miesiąc później, podkreśliła, że obecnie nazywa się Maria Jadwiga Minakowska. W lipcu 2025 roku poddała się operacji chirurgicznej częściowej korekty płci oraz sfinalizowała prawnie proces tranzycji.
Ci wielcy Polacy to nasza rodzina, Kraków 2005 (CD-ROM), ISBN83-918058-2-4.
Seria Elita Rzeczypospolitej
Elita północnomazowiecka, tom I, sierpień 2011
Elita wileńska, tom II, październik 2011
Elita kresowa i smoleńska, tom III, grudzień 2011
Elita krakowska senatorska, tom IV, styczeń 2012
Elita sandomierska, tom V, kwiecień 2012
Elita poznańska senatorska z posłami ziemi wschowskiej: województwo poznańskie: rodziny senatorów oraz rodziny posłów ziemi wschowskiej, tom VI, Kraków, czerwiec 2012
Elita krakowska poselska, tom VII, lipiec 2012
Elita lubelska, tom VIII, listopad 2012
Elita litewska: rodziny senatorów-ministrów Wielkiego Księstwa Litewskiego, tom IX, styczeń 2013
Elita kijowska, tom X, marzec 2013
Elita żmudzka i nadniemeńska: księstwo żmudzkie i województwo trockie (z Kownem, Grodnem i Suwalszczyzną), tom XI, czerwiec 2013
Elita ruska: województwo ruskie z ziemią chełmską i województwem bełskim, tom XII, Kraków, wrzesień 2013
Elita koronna: rodziny senatorów-ministrów Korony Polskiej, tom XIII, listopad 2013
Elita inflancka, tom XIV, luty 2014
Elita podlaska, tom XV, kwiecień 2014
Elita poznańska poselska, tom XVI, czerwiec 2014
Elita czernihowska, tom XVII, październik 2014
Elita łęczycka i rawska: województwa łęczyckie i rawskie, tom XVIII, Kraków, marzec 2015
12345Marek Jerzy Minakowski:Marek Jerzy Minakowski.[w:] Wielka Genealogia Minakowskiego [on-line].sejm-wielki.pl,2017-04-21.[dostęp 2017-04-21].(pol.).
↑Marek Jerzy Minakowski:Marek Jerzy Minakowski.minakowski.blogspot.com.[dostęp 2017-04-21].(pol.).
↑Marek Jerzy Minakowski:Minakowski.pl.minakowski.pl.[dostęp 2017-04-21].(pol.).
↑Marek Jerzy Minakowski:Janusz Janota-Bzowski z Bzowa h. Ostoja.[w:] Wielka Genealogia Minakowskiego [on-line].sejm-wielki.pl,2017-04-21.[dostęp 2017-04-21].(pol.).
↑Marek Jerzy Minakowski:Deklaracja założycielska z kwietnia 2006.[w:] Historia Stowarzyszenia Potomków Sejmu Wielkiego [on-line].spsw.pl.[dostęp 2017-04-21].(pol.).
↑Marek Jerzy Minakowski:Józef Radzicki-Róg z Radzicza h. Nałęcz.[w:] Wielka Genealogia Minakowskiego [on-line].sejm-wielki.pl,2017-04-21.[dostęp 2017-04-21].(pol.).