W 1986 roku Jacques Gauthier ukuł termin Ornithodira dla kladu obejmującego ostatniego wspólnego przodka dinozaurów i pterozaurów oraz wszystkich jego potomków. W 1991 roku Paul Sereno jako pierwszy formalnie zdefiniował Ornithodira. Wedle tej definicji w skład Ornithodira wchodził skleromochl, a grupa ta była potencjalnie większa niż Ornithodira sensu Gauthier. W 1999 roku Michael J. Benton doszedł do wniosku, że Scleromochlus w istocie nie należał do Ornithodira sensu Gauthier i kladowi obejmującemu wszystkie archozaury sensu Gauthier (tj. należące do grupy koronowej, przez Bentona nazywanej Avesuchia) bliżej spokrewnione z dinozaurami niż z krokodylami nadał nazwę Avemetatarsalia. W 2004 roku Benton formalnie zdefiniował Ornithodira sensu Gauthier. W 2005 Sereno stwierdził jednak, że Ornithodira nie było użyteczną koncepcją – w przeciwieństwie do Avemetatarsalia.
Niektórzy naukowcy, m.in. Bennett (1996), sugerowali, że pterozaury nie są blisko spokrewnione z dinozaurami, lecz zajmują bardziej bazalną pozycję wśród archozauromorfów, prawdopodobnie pośrednią pomiędzy Proterosuchidae a Erythrosuchidae, jednak większość autorów zgadza się, że ich najbliższymi znanymi krewnymi – być może z wyjątkiem skleromochla – są dinozauromorfy. Jedynymi współczesnymi przedstawicielami Ornithodira są ptaki.
Filogeneza
Kladogram Ornithodira według Nesbitta i współpracowników (2010)
↑Jacques A.Gauthier:Saurischian monophyly and the origin of birds. W:KevinPadian (red.):The Origin of Birds and the Evolution of Flight.Memoirs of the California Academy of Sciences 8,1986,s.1–55. ISBN0-940228-14-9.
123Michael J.Benton:Origin and Relationships of Dinosauria. W:David B.Weishampel,PeterDodson,HalszkaOsmólska (red.):The Dinosauria.Wyd.drugie.Berkeley:University of California Press,2004,s.7–19. ISBN0-520-24209-2.
↑Sereno, P. C. 2005. Ornithodira Stem Archosauria—TaxonSearch [version 1.0, 2005 November 7] (ang.) [dostęp 22 września 2010]
↑Sereno, P. C. 2005. Avemetatarsalia Stem Archosauria—TaxonSearch [version 1.0, 2005 November 7] (ang.) [dostęp 22 września 2010]
↑S. ChristopherBennett.The phylogenetic position of the Pterosauria within the Archosauromorpha.„Zoological Journal of the Linnean Society”.118(3),s.261–308,1996. DOI: 10.1111/j.1096-3642.1996.tb01267.x.(ang.).
↑Stephen L. Brusatte, Michael J. Benton, Julia B. Desojo, Max C. Langer.The higher-level phylogeny of Archosauria (Tetrapoda: Diapsida).„Journal of Systematic Palaeontology”.8(1),s.3–47,2010. DOI: 10.1080/14772010903537732.(ang.).
↑Sterling J. Nesbitt, Christian A. Sidor, Randall B. Irmis, Kenneth D. Angielczyk, Roger M. H. Smith, Linda A. Tsuji.Ecologically distinct dinosaurian sister group shows early diversification of Ornithodira.„Nature”.464,s.95–98,2010. DOI: 10.1038/nature08718.(ang.).