Jest to substancja podobna do ludzkiej pepsyny. Uczestniczy w rozkładzie białek. Łańcuch papainy zbudowany jest z 212 reszt aminokwasowych, stabilizowany jest 3 mostkami dwusiarczkowymi (−S−S−), z których dwa są ukryte wewnątrz cząsteczki, a jedna znajduje się na jej powierzchni. W centrum aktywnym ma jedną dodatkową grupę sulfhydrylową−SH. Pełną aktywność enzymatyczną wykazuje w środowisku kwaśnym o pH = 4. Tworzy dwie domeny, podobnie jak insulina.
Jest składnikiem sosów nadających kruchość potrawom mięsnym, soli zmiękczającej mięso oraz produktów kosmetycznych (peelingi chemiczne).
↑F.F.EdwinF.F., M.V.M.V.JagannadhamM.V.M.V., Single disulfide bond reduced papain exists in a compact intermediate state, „Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Protein Structure and Molecular Enzymology”, 1479 (1-2), 2000, s. 69–82, DOI:10.1016/S0167-4838(00)00062-5 [dostęp 2024-11-05](ang.).