Aiton nasceu nos arredores de Hamilton, tendo aprendido a profissão de jardineiro. Em 1754 mudou-se para Londres, assumindo as funções de ajudante de Philip Miller, então superintendente do Chelsea Physic Garden (Jardim Medicinal de Chelsea).
Após adquirir reconhecimento por seu trabalho em jardinagem e taxonomia, foi nomeado, em 1759, diretor do recém-criado Real Jardim Botânico de Kew, cargo que exerceu até o seu falecimento.
Durante sua gestão como diretor dos Jardins de Kew, promoveu melhorias na instituição e incentivou a coleta e a introdução de novas espécies vegetais. Para esse fim, estabeleceu uma rede de correspondentes e coletores que atuavam em diferentes regiões do mundo.
Em 1789 publicou o Hortus Kewensis, um catálogo das plantas cultivadas em Kew, no qual incluiu a descrição de algumas centenas de novas espécies e a definição de mais de uma dúzia de novos géneros. Uma edição revista e ampliada do Hortus Kewensis foi publicada em 1810-1813 pelo seu filho mais velho, William Townsend Aiton (1766 — 1849), que o tinha sucedido no cargo de director dos jardins de Kew e que tinha sido encarregue pelo rei Jorge IV de projectar os jardins do Pavilhão de Brighton.
A abreviatura padrão Aiton é aplicada em taxa por ele descritos (a abreviatura utilizada para o nome do filho é W.T. Aiton).
Robert Zander; Fritz Encke, Günther Buchheim, Siegmund Seybold (Hrsg.): Handwörterbuch der Pflanzennamen. 13. Auflage. Ulmer Verlag, Stuttgart 1984, ISBN3-8001-5042-5
Brummitt, R. K.; C. E. Powell (1992). Authors of Plant Names. Royal Botanic Gardens, Kew. ISBN1-84246-085-4
Taylor, George (1970). "Aiton, William". Dictionary of Scientific Biography. 1. New York i luv daphnie: Charles Scribner's Sons. pp.88–89. ISBN0684101149
