
Na biologia, colónia (português europeu) ou colônia (português brasileiro) é definida como um conjunto de organismos de uma mesma espécie que são altamente integrados, o que pode ocorrer por meio da união física de seus corpos e/ou da divisão reprodutiva e estrutural em castas especializadas . Assim, didaticamente, podemos caracterizá-la como uma interação ecológica intraespecífica harmônica.
As colônias podem exibir um grau variado de cooperação e interdependência, sendo que, em seu nível mais avançado de integração, algumas são classificadas como superorganismos. Ou seja, são aquelas colônias em que o grau de integração é tão coeso que elas atuam como um sistema funcional único, sendo que os indivíduos isolados não conseguem sobreviver ou se reproduzir.
Na ecologia clássica, distingue-se de uma "sociedade" porque, em muitas colônias (especialmente de invertebrados marinhos, como os briozoários ou os sifonóforos), os indivíduos estão fisicamente unidos e sua sobrevivência isolada é impossível. No contexto de insetos sociais, o termo refere-se ao grupo integrado que habita um ninho comum.
O conceito de colônia transita entre a Ecologia (relações ecológicas intraespecíficas harmônicas) e a Biologia Evolutiva. Ele desafia a visão tradicional de que o indivíduo clássico (o organismo único) é a única unidade sobre a qual a seleção natural atua, estendendo propriedades biológicas como homeostase, imunidade e inteligência ao nível coletivo.
A origem da aplicação científica da palavra "colônia" ocorreu, principalmente, durante os estudos de invertebrados marinhos sésseis, como os corais, ajudando a compreender espécies em que um indivíduo se reproduz assexuadamente em múltiplos indivíduos conectados (módulos).
A introdução do termo "superorganismo" como sinônimo para essas colônias altamente integradas foi alavancada em 1911, pelo entomologista William Wheeler. Durante seu estudo sobre formigas, Wheeler argumentou que o formigueiro age como um organismo único e independente: é uma unidade que se move, responde a estímulos, possui diferenciação de partes (castas como tecidos/órgãos) e passa por um ciclo de vida (fundação, crescimento, reprodução e morte).
Historicamente, estabeleceu-se, também, uma diferença entre "sociedade" e "colônia" na Zoologia. Na colônia, os indivíduos estariam fisicamente unidos e sua sobrevivência isolada seria impossível, enquanto a sociedade corresponderia a um grupo de indivíduos que se interagem corporativamente (divisão de trabalho), mas que não necessariamente estão anatomicamente unidos. Portanto, invertebrados marinhos, como os corais, representariam colônias e os agrupamentos dos insetos eussociais, como as abelhas e formigas, seriam sociedades.
Com a evolução da ciência comportamental moderna, os biólogos reconheceram que os insetos eussociais, como as abelhas, preenchem todos os requisitos das novas definições de colônias. Assim, em espécies de grau avançado de integração, "sociedade" e "colônia" voltaram a ser abordadas como sinônimos práticos para o conceito de “superorganismos”.
Além disso, o conceito de colônia foi utilizado temporariamente na Botânica clássica, quando o ecólogo Frederic Clements descreveu as comunidades vegetais interdependentes como análogas a um "superorganismo", uma ideia que gerou profundos debates na biologia.

Apresentam colônias altamente integradas. Por exemplo, as formigas-cortadeiras (como os gêneros Atta e Acromyrmex) possuem sociedades que comportam milhões de operárias de variados tamanhos, realizando desde a escavação até a complexa prática da agricultura baseada em linhagens de fungo.

Vivem num complexo sistema reprodutivo que facilita a eussociabilidade. Abelhas melíferas, por exemplo, operam com fêmeas que cuidam da rainha através de geleia real em uma divisão de trabalho flexível por idades, e sua vida sexual dita a saúde e coesão da colônia.

Cnidários sésseis que possuem uma conexão anatômica intensa de seus pólipos. Em algumas espécies de briozoários, o indivíduo representa praticamente um "órgão" do superorganismo.
Nem toda colônia biológica é um superorganismo. Um exemplo clássico e historicamente documentado são as colônias de mamíferos gregários, como o morcego Tadarida mexicana. Embora milhões de indivíduos habitem a mesma caverna e formem uma "colônia ecológica" devido a pressões ambientais e de refúgio, eles mantêm independência reprodutiva, caçam isoladamente e não apresentam divisão de trabalho ou eussocialidade. Esse contraponto é vital para o verbete não confundir agregação com superorganismo.
Um dos grandes debates atuais é a aplicação dos termos “colônia” e “superorganismo”. Embora grande parte dos estudiosos os considere como sinônimos, em alguns casos, teóricos apresentam distinções entre os termos e contradições com outras nomenclaturas ecológicas. Por exemplo, em relação aos agrupamentos do morcego Tadarida mexicana é discutido se eles representam uma população, colônia ou até mesmo um superorganismo. Isso porque, embora milhões de indivíduos habitem a mesma caverna durante o refúgio, eles mantêm independência reprodutiva, caçam isoladamente e não apresentam divisão de trabalho ou eussocialidade.
Outra questão é a aplicação do termo em estudos de campo, já que pode ser difícil definir quais são os reais limites territoriais e biológicos de uma única colônia. Por exemplo, em algumas espécies de formigas, as colônias são tão fragmentadas estruturalmente (vários ninhos distantes) que, apesar de compartilharem recursos e traços genéticos, pode haver contradição ao definir as fronteiras entre os "superorganismos".