Na USP defendeu em 1965 sua tese de livre-docência sobre Henri Bergson. Presença e campo transcendental: consciência e negatividade na filosofia de Bergson, defendida em 1965, só seria lançado em livro no ano de 1988, pela Edusp – em 2002, foi traduzido e publicado na França. Editou apenas mais três títulos: Alguns ensaios, em que reúne artigos de filosofia e de crítica literária (Max Limonad, 1985) e Erro, ilusão, loucura (Editora 34, 2004). Organizou ainda Filosofia da psicanálise (Brasiliense, 1991).
"Todos os estudos que versam sobre Bergson, assim como sobre a fenomenologia francesa do século 20, que inclui autores como Jean-Paul Sartre e Maurice Merleau-Ponty, precisam manter uma interlocução com os livros e ensaios de Bento Prado".
Produziu obras bastante ecléticas, entre elas: história da filosofia, filosofia da psicanálise, filosofia da linguagem, crítica literária e poesia. É tido, por muitos,[quem?] como um dos maiores ensaístas da filosofia brasileira.
Em 1985, publicou "Alguns Ensaios: Filosofia, Literatura e Psicanálise", obra com que começou a se destacar como escritor.
Foi aposentado compulsoriamente pela ditadura militar em abril de 1969, na ação conduzida pelo então ministro da Justiça, Gama e Silva, na verdade reitor licenciado da universidade, contra seus próprios colegas, inclusive o vice-reitor em exercício, Hélio Lourenço. Bento Prado Jr. foi cassado juntamente com seu colega José Arthur Giannotti e autoexilou-se na França, de onde somente retornou no final dos anos 1970, para lecionar, primeiro na Pontifícia Universidade Católica de São Paulo e depois na UFSCar, onde se tornou titular.
Suas obras
"Presença e Campo Transcendental: Consciência e Negatividade na Filosofia de Bergson", Edusp, 1989
12ACI - PUCSP. «História da PUC-SP». PUC - SP site oficial. Consultado em 10 de fevereiro de 2015. Nos anos 1970, a Universidade contratou professores que haviam deixado as instituições públicas em que trabalhavam, aposentados compulsoriamente pelos militares. Passaram a fazer parte dos quadros da PUC-SP intelectuais como Florestan Fernandes, Octavio Ianni, Bento Prado Jr., José Arthur Gianotti.
