O seu filho, D. Manuel, 4.º Duque de Beja, tornou-se rei de Portugal depois da morte, sem herdeiros, de D. João II. A partir daí o título foi incorporado na coroa, ficando reservado ao segundo filho varão do monarca, quando o houvesse. Com a instituição da Casa do Infantado, em 1654, passou a ser um dos seus títulos subsidiários. Após a extinção daquela Casa, em 1834, o título manteve-se, mas cedeu a segunda posição ao de Duque do Porto, passando, por determinação de D. Pedro IV, a ser atribuído a um filho varão mais novo do monarca, em princípio o terceiro. Seis dos titulares do Ducado de Beja acabaram por herdar o trono, um deles como consorte régio.
Nono filho (sexto varão) de Fernando, 1.º Duque de Beja e Duque de Viseu. Herdou os títulos do irmão Diogo, depois da morte deste. Tornou-se rei em 1495, após a morte do seu primo, o rei João II.
Quinto filho (terceiro varão) do rei Manuel I, o anterior Duque de Beja. Foi herdeiro presuntivo do trono Português. Após a sua morte sem descendentes legítimos em 1555, o título reverteu para a coroa.
Sétimo filho (quarto varão) do rei João IV, feito Duque de Beja em 1654. Serviu como regente do irmão, Afonso VI. Tornou-se rei em 1683, após a morte do irmão.
Quarto filho (terceiro varão) do rei Pedro II, o anterior Duque de Beja. Foi herdeiro presuntivo do trono Português. Faleceu sem descendentes legítimos.
Quinto filho (quarto varão) do rei João V. Casou com a sua sobrinha, a Princesa da Beira e, posteriormente Rainha, Maria I, tornando-se Rei-consorte enquanto Pedro III.
Terceiro filho da rainha Maria I e de Pedro III, anterior Duque de Beja. Tornou-se herdeiro da coroa após a morte do Príncipe do BrasilJosé de Bragança em 1788, tornando-se regente e posteriormente Rei.
Sétimo filho (terceiro varão) do rei João VI, anterior Duque de Beja. Usurpou o trono em 1828 e, após ser vencido na Guerra Civil de 1832-1834, foi banido perpetuamente da sucessão dinástica, sendo exilado com o tratamento de ex-Infante.
Quarto filho (terceiro varão) da rainha Maria II. Foi o primeiro caso de um terceiro filho varão do monarca vivo a receber o título. Faleceu com 19 anos em 1861.
Terceiro filho (segundo varão) do rei Carlos I. Recebeu o título uma vez que o título reservado ao segundo filho varão, Duque do Porto, já tinha sido atribuído ao seu tio, Afonso. Herdou o trono após o assassinato do seu pai e irmão em 1908, vindo a ser o último rei de Portugal até à sua deposição em 1910.
Reivindicações pós-Monarquia
Reivindicou, também, o título de Duque/Duquesa de Beja:
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