Atuação na 13ª Vara Federal de Curitiba
Eduardo Appio tornou-se titular da 13.ª Vara Federal de Curitiba, em 7 de fevereiro de 2023, após o antecessor Luiz Antônio Bonat ser promovido ao cargo de desembargador para o TRF-4. Tornou-se conhecido por criticar os métodos de Sergio Moro, anteriormente titular dessa Vara Federal. Sua neutralidade foi contestada por Deltan Dallagnol, após vir a público a informação de que seu nome constava no registro de doações eleitorais à campanha de Luiz Inácio Lula da Silva e de que Appio usava a senha LUL2022. Appio negou ter feito qualquer doação a candidaturas de políticos e disse que a senha seria um protesto individual contra a prisão de Lula, que foi posteriormente considerada ilegal. Além da doação de R$ 13 a Lula, Appio teria doado R$ 40 à candidatura de Ana Júlia Pires Ribeiro. Em março de 2023, o senador Flávio Bolsonaro pediu o afastamento de Appio ao Conselho Nacional de Justiça, por suposto "envolvimento em atividade politico partidárias" e "conduta imoral".
Durante sua breve atuação na vara federal, Appio revogou algumas decisões de Moro em processos da Lava Jato. Em maio, reverteu a sentença contra Sérgio Cabral, condenado em 2017, mas a decisão foi anulada pelo TRF-4 em razão de questionamentos a respeito da imparcialidade de Appio. Outra decisão revertida no TRF-4 foi a liberação de uma conta bloqueada, com R$ 35 milhões, de Antônio Palocci, por incompetência da vara curitibana. Além disso, solicitou a inclusão de Rodrigo Tacla Duran, empresário que acusa Moro e Dallagnol de extorsão, no programa de proteção a testemunhas. Após colher depoimento de Tacla Duran, Appio relatou ter sofrido ameaças e solicitou ao TRF-4 reforço em sua segurança pessoal, e argumentou que as ameaças decorrem do poder político de Moro e Dallagnol.
Afastamento e correição
Em 22 de maio de 2023, por decisão do TRF-4, Eduardo Appio foi afastado da 13.ª Vara Federal de Curitiba, após ser acusado de ameaçar o filho do desembargador Marcelo Malucelli. Segundo a representação do desembargador, Appio teria telefonado a João Eduardo Barreto Malucelli, sócio de Sergio Moro e sua esposa, através de um número privado, e feito ilações a respeito de irregularidades no imposto de renda do advogado. Durante a ligação, ocorrida em abril, teria perguntado: "O senhor tem certeza que não tem aprontado nada?" Em entrevista ao jornalista Leandro Demori em 2024, Appio confessou ter feito a ligação e explicou as circunstâncias que o levaram a fazê-la. Em abril, Appio denunciou Malucelli ao Conselho Nacional de Justiça, sob a alegação dele ter descumprido ordens do Supremo Tribunal Federal e ter cometido abuso de autoridade, quando restabeleceu a prisão preventiva de Rodrigo Tacla Duran.
Segundo o TRF-4, houve possível violação a seis regras do Código de Ética da Magistratura. O telefonema foi gravado e, segundo laudo da Polícia Federal, um dos indícios apresentados para o afastamento, numa escala de -4 a +4, a correspondência da voz de Appio com a do autor do telefonema é +3. Porém, segundo parecer apresentado pela defesa de Appio, uma perícia efetuada pelo técnico Pablo Arantes comprova que a voz na ligação não é a de Eduardo Appio. O Conselho Nacional de Justiça determinou a abertura de correição para apurar controvérsias envolvendo o TRF-4 e a 13.ª Vara Federal de Curitiba.
Em 17 de julho de 2023, o Conselho Nacional de Justiça decidiu manter Appio afastado da 13ª Vara Federal de Curitiba. O corregedor Nacional de Justiça, Luis Felipe Salomão, considerou existirem "elementos suficientes à manutenção do afastamento do magistrado até o final das apurações". Além disso, Salomão afirmou que Appio teria utilizado dados e informações do sistema da Justiça Federal para constranger o desembargador Marcelo Malucelli, afirmando que "a utilização dessas informações para constranger ou intimidar desembargador do Tribunal representa, por si só, em tese, conduta gravíssima e apta a justificar o afastamento provisório e cautelar do magistrado sob investigação". A defesa do magistrado disse que irá recorrer da decisão de Salomão.
Decisão do STF e transferência
Em 19 de setembro de 2023, Dias Toffoli, ministro do Supremo Tribunal Federal anulou a suspeição de Eduardo Appio, declarada pelo TRF-4 em maio, e interrompeu o processo administrativo que tramitava contra o juiz. A defesa de Appio buscava reverter o afastamento da 13ª Vara Federal de Curitiba. Entretanto, durante audiência de reconciliação no Conselho Nacional de Justiça, Appio admitiu uma conduta imprópria e solicitou transferência da 13ª Vara Federal de Curitiba. Apesar disso, negou a autoria do telefonema que motivou o primeiro afastamento. Nos termos desse acordo, Appio deve se candidatar à transferência para a 18ª Vara Previdenciária da Justiça Federal em Curitiba.
Acusação de furto e perda do cargo
Em 27 de agosto de 2026, a Corte Especial Administrativa do TRF-4 aplicou a pena de disponibilidade sem vencimentos e propôs a perda do cargo de juiz federal de Eduardo Appio. O processo administrativo disciplinar foi instaurado após o magistrado ser investigado e acusado de furtar garrafas de champanhe em um supermercado na cidade de Blumenau, em Santa Catarina, durante o ano de 2025.
A decisão do TRF-4, tomada por 15 votos a 2, seguiu para reexame do Conselho Nacional de Justiça (CNJ), a quem caberá a palavra final sobre a medida disciplinar. Após o julgamento, Appio considerou a sanção "injusta e desproporcional".
