História
O clube foi fundado de 1947. Durante a fase em que a Lituânia era parte da União Soviética, foi o clube dominante do país no período, tendo vencido a Segunda Divisão em 1982.
Com a independência da Lituânia em 1991, o Žalgiris (renomeado Žalgiris-EBSW em 1993) manteve sua hegemonia no futebol nacional, conquistando três Campeonatos nacionais (1991, 1992 e 1999), seis Copas da Lituânia (1991, 1993, 1994, 1997, 2003 e 2012) e uma Supercopa (2003).
2008 este clube faliu.
2009 um novo clube foi fundado com VMFD "Žalgiris". Em 25 de novembro de 2014, depois de resolver disputas legais, o VMFD "Žalgiris" tornou-se o FK "Žalgiris". O clube que se tornou oficialmente o lendário membro do clube na Lituânia começou a contar sua história desde 1947.
25 de novembro de 2014, após a resolução de disputas legais, o VMFD "Žalgiris" tornou-se FK "Žalgiris". Oficialmente uma continuação da lendária história do clube lituano, o clube começou a recontar sua história desde 1947
O clube lituano também é o time de futebol com mais participações na Liga dos Campeões da UEFA na região dos Bálticos (Na verdade o único), com duas participações,em 1981-82 e 1983-84. E retrospectivamente o único a chegar até a fase mata-mata do torneio,esse feito aconteceu em 1981-82 quando chegou ás Oitavas de Final,mas foi eliminado pelo Estrela vermelha
Títulos
- 1991, 1992, 1999, 2013, 2014, 2015, 2016, 2020, 2021, 2022, 2024
- 1991, 1993, 1994, 1997, 2003, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016 (primavera), 2016 (outono), 2018, 2021, 2022
- 1996, 1999, 2002, 2003, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2020, 2023
2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020
Excursão no Brasil
- 2015
Andrius Skerla
