Todos estes relacionamentos familiares tornavam Filipa uma interessante aliança matrimonial.
Casamento na Lorena
Na mesma altura, o duque Renato II da Lorena e de Bar, fortalecido pelo prestígio de sua vitória sobre o estado Borguinhão na Batalha de Nancy (1477), obtivera a anulação do seu casamento com Joana de Harcourt que não lhe dera descendência. Sob instâncias da regente de França, Ana de Beaujeu, tia de Filipa, Renato II encontrou a nova esposa, capaz de lhe garantir uma posteridade legítima e de estreitar seus laços com a França, sem descuidar a proximidade do Sacro Império Romano-Germânico; Filipa era descendente dos duques de Borgonha, e parente próxima do imperador Maximilino I.
Duquesa viúva
Com a morte de Renato II, Filipa tentou assumir a regência mas os Estados da Lorena julgaram que o seu filho António, com 19 anos, tinha idade suficiente para reinar.
Aproveitando os laços familiares com a corte francesa, ela enviou os filhos mais novos para terminar a sua formação em França. Cláudio impõe-se e viria a desempenhar um papel importante papel político no Reino de França, sendo o fundador da poderosa Casa de Guise.
João, elevado muito jovem à dignidade de Cardeal, acumula benefícios eclesiásticos e prestigiados bispados, e torna-se um dos mais influentes homens do reino e quase se tornou Papa.
A 13 de junho de 1509, a duquesa viúva comprou o senhorio de Mayenne à sua cunhada Margarida de Lorena.
A 15 de dezembro de 1519, Filipa retira-se para o convento Clarissas em Pont-à-Mousson, e encomendou um magnífico retábulo que ofereceu à congregação e aí permaneceu até à sua morte.
O seu irmão, o duque Carlos de Gueldres, morreu em 30 de junho de 1538, sem descendência legítima, e ela reivindicou a sucessão dos ducados de Gueldres e Jülich, mas o imperador Carlos V confiscou o ducado. No entanto, a reivindicação dos estados foi transmitida ao seu filho António, que acrescentou ao Brasão dos duques da Lorena os símbolos de Gueldres e Jülich.
O duque António morreu em 1544, sucedendo-lhe o filho, Francisco I da Lorena. O jovem duque, após ter negociado as Tréguas de Crépy-en-Laonnois entre a França e o Império, morreu prematuramente, tendo reinado menos de um ano.
O filho e sucessor, Carlos III da Lorena a quem a história dará o apelido de o Grande, bisneto de Filipa, tinha apenas dois anos. A regência dos ducados foi confiada à mãe do duquesinho, Cristina da Dinamarca e ao seu tio Nicolau de Lorena, bispo francófono de Toul que abandonou o estado eclesiástico para poder assegurar a sucessão da dinastia caso seu sobrinho morresse sem descendência. O futuro dos ducados parecia incerto.
