Esta expedição revelou-se a mais dispendiosa para a Coroa de Espanha e, no entanto, foi a que produziu menos publicações científicas. No entanto, foi decisiva para o desenvolvimento da cultura colombiana e da investigação na Colômbia. Foi criada uma escola de desenho e foram recrutados numerosos desenhadores e ervanários. Os desenhos feitos durante a expedição eram de qualidade excecional. Entre os desenhadores encontravam-se Salvador Rizo e Francisco Javier Matís, que foi descrito por Alexander von Humboldt como o melhor ilustrador botânico do mundo. Anos mais tarde, o médico e botânico bogotano José Jerónimo Triana contribuiu decisivamente para a determinação das espécies.
Ao contrário do que aconteceu com as placas desenhadas, parte do extenso e importante herbário, transferido no final da Expedição para o Real Jardim Botânico de Madrid, permaneceu praticamente inédito até há relativamente pouco tempo. A biblioteca utilizada por Mutis na Expedição Botânica, encontra-se na Biblioteca Nacional da Colômbia. Uma das obras que pertenceu a Mutis é Recueil des plantes des Indes, da entomóloga Maria Sibylla Merian. Na revista Senderos, editada pela Biblioteca Nacional da Colômbia, foi publicado o catálogo deste valioso fundo.
Contribuições para a ciência
José Celestino Mutis foi o fundador do estudo da medicina científica, da botânica e da astronomia na Colômbia. Em 1801, Mutis propôs às autoridades a criação de um laboratório químico com a respectiva cadeira, e em 1804 propôs um currículo médico definitivo, dando importância ao ensino prático no hospital após a formação nas ciências básicas e nas ciências médicas.
Durante a grande epidemia de varíola de 1782, Mutis, apesar da relutância dos governantes, implementou numerosas medidas sanitárias em Santa Fé de Bogotá, juntamente com uma campanha de vacinação. A pedido de um padre idoso de Sopó, investigou a utilização de estirpes enfraquecidas da doença inoculadas em pessoas saudáveis e, perante a incredulidade do povo, realizou ele próprio a experiência, introduzindo, através de um pequeno corte, uma amostra purulenta de um doente. Inoculou também alguns dos seus alunos e 36 crianças doentes do orfanato San Juan de Dios de Bogotá. Ao fim de alguns dias, nem ele nem os seus discípulos tinham adoecido e as crianças começaram a registar melhorias. Este teste convenceu cerca de mil pessoas, que aceitaram experimentar o método e sobreviveram graças a esta forma de vacinação.
O êxito da campanha convenceu também o vice-rei Antonio Caballero y Góngora, que estabeleceu decretos para sistematizar a vacinação em situações epidémicas.
Outro dos grandes contributos de José Celestino Mutis foi a compilação de vocabulários da línguas indígenas da Colômbia, atualmente na Biblioteca Real de Espanha. Graças à imperatriz Catarina II da Rússia, a compilação de vocábulos e gramáticas indígenas feita por Mutis foi levada a cabo. A czarina queria um grande dicionário de todas as línguas conhecidas, que acabou por ser feito, e pediu a Carlos III de Espanha que lhe fornecesse gramáticas e vocabulários das línguas americanas. O soberano concordou e foram dadas ordens reais aos vice-reis e governadores das Índias para que enviassem à corte tudo o que fosse possível obter.
Na Nova Granada, concretamente em Bogotá, a missão foi confiada ao padre José Celestino Mutis, assistido pelos seus fiéis colaboradores, o cónego Diego de Ugalde e o padre Anselmo Álvarez. O cosmógrafo das Índias Juan Bautista Muñoz deixou um relato dos documentos em língua indígena que recolheram. Graças a eles, foram compiladas as gramáticas das línguas chibcha, mosca e saliba e o dicionário da língua achagua. Após este trabalho, Carlos III, consciente do seu valor, não as enviou para a Rússia e ordenou que fossem colocadas na sua Biblioteca da Câmara, por Ordem Real de 13 de novembro de 1787.
Em 1928, o seu catálogo foi publicado sob o título de Lenguas de América, uma vez que a coleção contém mais do que as acima mencionadas, escritas por outras pessoas e que Mutis reuniu, considerando que um vocabulário deve ser composto por pelo menos cem palavras. São dezanove volumes com vocabulários e gramáticas, principalmente em tamanho octavo e docevo, que entraram na Real Biblioteca em fevereiro de 1789. Vão do manuscrito II/2910 ao II/2929 e alguns deles são cópias.
D facto, o primeiro volume é uma cópia, datada após a Ordem Real indicada, intitulado Arte y vocabulario de la lengua achagua, que foi produzido pelos jesuítas Alonso de Neira e Juan Ribero, sendo um trelado de 1762. Na realidade, foi produzido muito antes, pois Neira morreu em 1703 e Ribero em 1736. O segundo e o terceiro volumes formam o Vocabulario andaqui-español, o quarto é um Vocavolario para la lengua arauca, datado de 1765, o quinto é um Vocabulario de español a caribe, datado de 1774 e da autoria do franciscano Martín de Taradell, o sexto e o sétimo são outro vocabulário em língua ceona, que foi copiado como registado em julho de 1788, o oitavo e o nono são formados por vocabulários da língua guama, copiados em Bogotá em dezembro de 1788, o nono volume é um Cathesismo en guaraní y castellano, datado de Corrientes em outubro de 1789; o décimo é um vocabulário em língua guarauno e inclui uma arte de confesar guaraunos, o décimo primeiro é um Breve compendio de lengua pariagoto, o décimo segundo é uma gramática, confessionário e vocabulário na língua mosca, os dois seguintes são outro vocabulário em mosca, datado de 1612, mas copiado no século XVIII, os II/2925 e 2926 são vocabulários castelhanas na língua motiliana, feitas pelo capuchinho Francisco Javier de Alfaro, também copiadas em julho de 1788. Segue-se uma cópia feita em dezembro do mesmo ano por frei Jerónimo José de Lucena de três vocabulários nas línguas otomaca, taparita e yarura. Os dois últimos da coleção, manuscritos II/2928-29, são um catecismo da língua da província de Paez, na língua da nação Murcielaga ou Huaque, compilado em julho de 1788.
Alguns são originais, mas a maioria são cópias de outros originais, muitos dos quais se perderam, ou dos quais não existem outros testemunhos escritos, pelo que adquirem a relevância de originais. São, no seu conjunto, um verdadeiro tesouro dentro das colecções americanistas da Real Biblioteca e um exemplo do interesse hispânico em preservar para o futuro um dos elementos capitais das culturas indígenas, a sua língua.
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