Prefeito da frota (em latim: præfectus classis) era o almirante de uma das frotas militares baseadas no Mediterrâneo, no Ponto Euxino (Mar Negro) ou ao longo dos grandes rios europeus (como o Reno e o Danúbio). Eram cidadãos romanos de ordem equestre e faziam parte da prefeitura romana. Seu principal subordinado e, em casos particulares, seu substituto, era o subprefeito da frota (em latim: subpræfectus classis).
A função foi criada na época da Primeira Guerra Púnica, na década de 260 a.C., quando os romanos criaram suas primeiras frotas para enfrentar Cartago, até o final do Império Romano no século V.
Durante o período republicano, o comando da frota era deixado ao encargo de um magistrado ou um promagistrado, normalmente de status consular ou pretorial. Durante as Guerras Púnicas, por exemplo, um cônsul comandava a fronta e o outro, o exército em terra. Nas sucessivas guerras travadas no oriente, os pretores assumiram o comando das frotas. Todavia, como estas pessoas tinham também outros encargos de natureza política, a gestão efetiva da frota ou das esquadras navais era entregue a um subordinado, o legado, geralmente alguém experiente em assuntos navais. Foi durante a Primeira Guerra Púnica que apareceu pela primeira vez o "prefeito da frota" segundo Lívio.
Durante o período imperial, com Augusto, os prefeitos da frota se transformaram em procuradores do Augusto, cada uma a frente de uma frota permanente. As duas maiores eram a Classis Ravennatis e a Classis Misenensis, baseadas em Ravena e Miseno respectivamente. Estes postos foram ocupados inicialmente ocupados por pessoas da ordem equestre ou, a partir de Cláudio, pelos seus libertos, o que garantiu um controle imperial direto sobre as várias frotas. A partir da dinastia flaviana, a condição de "prefeito" passou a ser ocupada somente por equestres com experiência militar e que haviam feito carreira nas militiae equestri. Também neste caso, o prefeito, dotado de experiência militar, era também um político com pouca experiência naval e contava com seus subordinados para as ações do dia-a-dia.

A carreira de prefeito era parte do cursus honorum da ordem equestre:
Havia uma substancial diferença de patente, a importância no cursus honorum, entre os prefeitos da frota, o que se refletia inevitavelmente no stipendium entre eles: