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O Tribunal Regional Federal da 3ª Região é o órgão de 2º grau da Justiça Federal que abrange os estados de São Paulo e Mato Grosso do Sul.
A sede do Tribunal está localizada na Avenida Paulista, nº 1.842, na cidade de São Paulo/SP.

O Tribunal Regional Federal da 3ª Região (TRF-3) foi criado juntamente com os outros quatro Tribunais Regionais Federais, pela Constituição de 1988 (artigo 27, § 6º, do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias), com o objetivo de substituir e regionalizar a jurisdição do extinto Tribunal Federal de Recursos (TFR).
Os Tribunais Regionais Federais foram inaugurados simultaneamente, com suas sedes em São Paulo, Brasília, Rio de Janeiro, Porto Alegre e Recife no dia 30 de março de 1989, e tiveram suas composições iniciais previstas na Lei nº 7.727, de 09 de janeiro de 1989.
O TRF3 foi solenemente instalado sob a presidência do ministro Washington Bolívar de Brito, vice-presidente do Tribunal Federal de Recursos, no Edifício "Saldanha Marinho", na rua Líbero Badaró, 39 - imóvel da Fepasa, tombado pelo CONDEPHAAT - Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Arqueológico, Artístico e Turístico do Estado de São Paulo.
Estando esse prédio ainda em fase de reformas, o Tribunal ficou instalado, até 5 de setembro de 1989, na sede da Representação do STJ - Superior Tribunal de Justiça, no 11º andar do "Fórum Pedro Lessa", na Avenida Paulista, 1682.
Na data de inauguração do TRF3, foram empossados os magistrados:
Assim, na gestão do presidente Jorge Scartezzini, foi obtida por meio de permuta com a Caixa Econômica Federal a nova sede do Tribunal Regional Federal da 3ª Região, localizada na Avenida Paulista e inaugurada aos 22 de fevereiro de 1999.
A nova sede representou a concretização de um antigo anseio da Justiça Federal em São Paulo, que passou a contar com instalações condignas, permitindo a oferta de uma prestação jurisdicional mais célere e eficaz.
Por meio de alteração no regimento interno, o Tribunal decidiu que internamente seria utilizada a denominação "Desembargador Federal" ao invés daquela determinada na Constituição Federal.
Foram presidentes do TRF3 os seguintes Juízes de Tribunal:

A jurisdição do Tribunal Regional Federal da 3ª Região compreende os estados de São Paulo e de Mato Grosso do Sul.
Hoje o TRF3 é responsável por mais de 40% das ações ajuizadas na Justiça Federal do país.