A palavra "Tonanitla" vem do nahuatl. O município foi fundado em 25 de julho de 2003 e é separado do município de Jaltenco. Em 1935, recebeu mais 259 hectares como extensão de seu ejido, sendo Governador do Estado do México, C. José Luís Solórzano.
Os delegados, também nomeados de autoridades auxiliares, são nomeados em cada uma das localidades, de cada bairro, por seus próprios moradores. É responsabilidade dos delegados municipais representar a Câmara Municipal que corresponde à sua delegação. Também são eleitos conselhos de participação cidadã, esses órgãos servem para apoiar as autoridades municipais na execução de obras materiais.
