Trabalho científico
Pfeffer foi um pioneiro da fisiologia vegetal moderna. Seus interesses científicos incluíam os movimentos termonásticos e fotonásticos das flores, os movimentos nictinásticos das folhas, a física protoplástica e a fotossíntese. Em 1877, enquanto pesquisava o metabolismo das plantas, Pfeffer desenvolveu uma membrana semiporosa para estudar os fenômenos da osmose. A "célula de Pfeffer" de mesmo nome é nomeada para o dispositivo osmométrico que ele construiu para determinar a pressão osmótica de uma solução.
Durante seu mandato em Leipzig, Pfeffer publicou um artigo sobre o uso da fotografia para estudar o crescimento das plantas. Ele queria estender os experimentos cronofotográficos de Étienne-Jules Marey (1830-1904) produzindo um curta-metragem envolvendo as etapas do crescimento das plantas. Este "filme" seria filmado durante um período de semanas por exposição quadro-a-tempo em intervalos espaçados regulares. Mais tarde, a fotografia com lapso de tempo se tornaria um procedimento comum.