Fischer blev amanuens vid de kungliga konstsamlingarna 1912, vid Röhsska konstslöjdmuseet 1914 och var intendent vid Malmö museums konst- och kulturhistoriska samling samt styresman 1923–1955. Han var även anställd vid Jubileumsutställningens i Göteborg historiska utskott 1916. För Skara museum organiserade han samlingen och ritade museets utställningsinredning 1917–1918.
Fischer utförde en rad konsttopografiska undersökningar, särskilt i Västergötland. Han var också ordförande i Malmöhus läns hemslöjdsförening 1949–1965 och medarbetare i Svensk Uppslagsbok samt bokverket Svenska kyrkor.
Under andra världskriget gjorde Fischer en betydande humanitär insats. När flyktingströmmen nådde Skåne lät han tömma museets utställningssalar och förvandla dem till en flyktingmottagning.
Utställning af träsnitt från Föreningen Originalträsnitt: december 1916 - januari 1917. Göteborg. Röhsska konstslöjdmuseet. Tillfällig utställning; [4]. Göteborg. 1916. Libris2644864
Möbelkonsten från renässansen till och med empiren. Konst- och kulturhistoriskt bibliotek, 99-1540174-4; 1. Stockholm: Svenska teknologföreningens förlag. 1920. Libris1649737
Västergötlands kyrkliga konst under medeltiden. Uppsala: Norblads bokhandel. 1920. Libris675623
Bokbandets historia. Stockholm: Norstedt. 1922. Libris8081759
Kakel och kakelugnar. Svenska slöjdföreningens tidskrift, 0284-0340; Specialnummer 2. Stockholm: G. Tisells tekn. förl. 1922. Libris1472361
Göteborgs landerier. Skrifter utgivna till Göteborgs stads trehundraårsjubileum genom jubileumsutställningens publikationskommitté, 99-0061987-0; 13. Göteborg. 1923. Libris417717
Göteborgs kruk- och kakelugnsmakareämbete. 1925. Libris10541307
Malmö museum: en beskrivning / av E. Fischer och C.O. Gylling. Malmö. 1925. Libris1184249
Hantverkets organisation i Malmö i äldre tider: några anteckningar. Malmö. 1926. Libris2644859
Möbler i bild: möbelformerna från forntiden till mitten av adertonhundratalet. Stockholm: Natur o. kultur. 1929. Libris1329850
Renässans: en stilhistorisk handbok. Malmö: Fören. Malmö musei vänner. 1930. Libris1329849
Svenska möbler i bild: möbelformerna från medeltiden till mitten av adertonhundratalet. Stockholm: Natur och kultur. 1931. Libris1354044
Barock: en stilhistorisk handbok. Malmö: Föreningen Malmö musei vänner. 1932. Libris1354041
Katalog över silverutställningen på Malmöhus slott den 21-30 april 1934: Anordnad av Sydsvenska Dagbladet Snällposten och Malmö museum. Malmö: Förlags a.-b. i Malmö boktr. 1934. Libris1354042
Rokoko: en stilhistorisk handbok. Malmö: Fören. Malmö musei vänner. 1934. Libris1354043
Linvävarefamiljen Nyman: ett bidrag till det skånska linneväveriets historia. Stockholm. 1936. Libris17657079
Ny-klassicism: en stilhistorisk handbok. Malmö: Fören. Malmö musei vänner. 1936. Libris1363884
Guldvaruaktiebolaget G. Dahlgren & Co.: 1845-1945. Stockholm: Esselte. 1945. Libris1462574