Mellan 2013 och 2015 var hon en av tre talesmän för partiet och blev 2014 invald i den sachsiska lantdagen. Efter en månadslång maktkamp valdes Petry, som tillhör partiets nationalkonservativa falang, till ordförande för AfD i juli 2015. I september 2017 lämnade hon AfD och grundade sedan ett nytt parti, Die blaue Partei, som upplöstes 2019.
I en intervju med Thüringischen Landeszeitung krävde Petry mindre makt till EU och beklagade att Europa avdemokratiseras. Vidare framförde hon asylrätten bör fortsätta gälla för "verkligt politiskt förföljda" medan det för majoriteten – "välfärdsflyktingarna" – krävs klara lagar och regler och en "anpassning till våra behov". I det sammanhanget hävdade Petry även att tyska arbetssökande ska ha förtur.
Frauke Petry, Vera Ritz, Cornelia Meineke, Peter Middel, Thomas Kietzmann, Christoph Schmitz-Salue, Karen I. Hirsch-Ernst: Subcellular localization of rat Abca5, a rat ATP-binding-cassette transporter expressed in Leydig cells, and characterization of its splice variant apparently encoding a half-transporter. In: Biochemical Journal, 2006 Vol. 393, Nr. 1, S. 79–87. doi:10.1042/BJ20050808
Ines Ecke, Frauke Petry, Albert Rosenberger, Svantje Tauber, Sven Mönkemeyer, Ina Hess, Christian Dullin, Sarah Kimmina, Judith Pirngruber, Steven A. Johnsen, Anja Uhmann, Frauke Nitzki, Leszek Wojnowski, Walter Schulz-Schaeffer, Olaf Witt et al.: Antitumor effects of a combined 5-aza-2'deoxycytidine and valproic acid treatment on rhabdomyosarcoma and medulloblastoma in Ptch mutant mice. In: Cancer Research, 2009, Vol. 69, Nr. 3, S. 887–895, doi:10.1158/0008-5472.CAN-08-0946, PMID19155313.
↑Frauke Petry: Auf der Suche nach Mitwirkungsmöglichkeiten. In: Gegenworte. Hefte für den Disput über Wissen, 3. Heft, Frühjahr 1999, S. 27–29, 85 (PDFArkiverad 3 september 2014 hämtat från the Wayback Machine.).