Nathanael Gestrin, född 24 maj 1754, död 8 december 1821, var en svensk präst och skolman.
Nathanael Gestrin blev filosofie magister vid Uppsala universitet 1785, vice skolkollega i Hedvig Eleonora församling från 1785, skolrektor i Adolf Fredriks församling, från 1789, kyrkoherde i Markims församling 1801-1821.
Nathanael Gestrin gift med Maria Magdalena, född Pihlman. Han var far till sonen Johan Nathanael Gestrin (1804-1887) och dottern Anna Maria, gift med Nils Nordlander.