Kongregation är en sammanslutning av människor, särskilt inom religiösa sammanhang eller människor kopplade till en särskild kyrka. Begreppet förknippas vanligen med kristna religiösa samfund, men förekommer även i judisk tradition.
I den romersk-katolska kyrkan används begreppet i en rad olika betydelser. Det kan hänvisa till kongregationer eller kommittéer inom kardinalkollegiet som har en administrativ funktion, men även till biskopskommittéer som samlas för att bestämma olika procedurer inom kyrkan. En annan betydelse kan vara förgreningar av diverse religiösa ordnar, där en kongregation kan följa ordens allmänna regler men ändå utgöra en egen grupp med särskilda stadgar och förhållningsregler.
Vidare kan en kongregation vara en religiös gemenskap där medlemmarna har avgett enklare löften jämfört med mer högtidliga sådana. I Frankrike avser en kongregation dessutom religiösa föreningar bestående av lekmän, exempelvis kopplat till välgörenhet eller i utbildningssyften.
Även inom protestantiska kyrkor används begreppet kongregation, då oftast med innebörden en samling troende som möts i kyrkan eller vid en särskild gudstjänst. Bland engelska icke-konformister och protestanter i USA har begreppet alltmer kommit att användas i betydelsen "medlemmar i den lokala kyrkan" och har på så vis blivit närmast synonymt med begreppet församling.