Inom petrologin och mineralogin refererar kryptokristallin till en textur som består av så små kristaller att dess kristallina natur endast kan anas under mikroskop – i ett tunt slipat preparat studerat i genomfallande polariserat ljus. Då det rör sig om ett svårobserverad fenomen kan kriptokristallinitet kan behövas påvisas indirekt vare sig med optiska eller via röntgenkristallografi. Bland sedimentära bergarter är chert och flinta kryptokristallina. Carbonado, en form av diamant, är också kryptokristallin. Vulkaniska bergarter, särskilt av felsisk typ – såsom felsiter och ryoliter – kan ha en kryptokristallin grundmassa; detta till skillnad från ren obsidian (felsisk) eller takylit (mafisk), vilka är naturliga vulkaniska glas. Agat och onyx är exempel på kryptokristallin kiseldioxid (kalcedon). Kvartskristallerna i kalcedon är så små att de inte kan urskiljas med blotta ögat. Även bauxit, den främsta malmen för aluminium, har brukligen en naturlig kryptokristallin cement.