Blomgren disputerade 2003 på avhandlingen Cross-pressure and political representation in Europe: a comparative study of MEP's and the intra-party arena, en komparativ studie som omfattar tre partier i vardera Sverige, Holland och Irland.
Blomgren har forskat om representativ demokrati, och var tillsammans med Torbjörn Bergman redaktör för boken "EU och Sverige – ett sammanlänkat statsskick" (2005).
Blomgren Magnus, Bergman Torbjörn, red(2005).EU och Sverige: ett sammanlänkat statsskick(1. uppl.). Stockholm: Liber. Libris9961872. ISBN 91-47-07563-5
Blomgren, Magnus(2008).”Överstatlig organisering”.Jämförande politik. Malmö: Liber. ISBN 978-91-47-08653-5
Blomgren, Magnus(2012).”Det röda Norrland och det blå Sverige”. iAnders Lidström.Ett delat Norrland: på väg mot regioner?. Umeå: Statsvetenskapliga institutionen, Umeå universitet. sid.85–104. ISBN 978-91-7459-375-4.Läst Läst 2 juni 2015
Blomgren, Magnus(2015).”Partierna och Europeiska unionen”. iMagnus Hagevi.Partier och partistystem. Lund: Studentlitteratur. sid.195–208. ISBN 978-91-44-10184-2.Läst Läst 2 juni 2015
Blomgren, Magnus (2026). EU och det svenska statsskicket: medlemskapets praktik, Lund: Studentlitteratur. ISBN 978-91-44-18487-6.