Halldorf är redaktör och ansvarig utgivare för tidskriften Pilgrim. Pilgrim har sin redaktion i Linköping. Halldorf var fram till 2017 föreståndare för Ekumeniska Kommuniteten i Bjärka-Säby, och medverkar fortfarande (2022) vid retreater och ekumeniska möten som kommuniteten arrangerar på olika platser i Norden. Han är författare till ett stort antal böcker om lärjungaskap, det inre livet och den tidiga kyrkans historia.
Inflytandet från historiskt rotad, klassisk spiritualitet är grunden för hans undervisning. Biskop Martin Lönnebo har betytt mycket för honom. De har samma intresse för östkyrkan.
Halldorf var redaktör för den ekumeniska frikyrkliga tidningen Trots Allt på 1990-talet, och kretsen kring den påverkade hans utveckling. Han är nära vän med Magnus Malm och Ylva Eggehorn från tiden i Nytt Liv/Trots Allt.
Halldorf är en ekumenisk frontgestalt i svensk frikyrklighet, med ett långvarigt och nära samarbete med såväl svenska kyrkan som med den katolska och ortodoxa kyrkan. År 2022 utsågs han till hedersdoktor vid Lunds universitet med motiveringen att han haft ”ett stort genomslag i svensk kristenhet och väsentligt ökat olika kristna gruppers förståelse för varandra”.
Halldorf var värd i Sommar i P1 i Sveriges radio 1998.
Familj
Peter Halldorf är son till pastor Samuel Halldorf. Han är gift med legitimerade psykoterapeuten Christina Halldorf och de är föräldrar till teologen Joel Halldorf.
Jørgen Sejergaard, "Peter Halldorf - hans teologi og de andelige strømninger i tiden", artikel i tidskriften Reformatio (Danmark) oktober 2007, nr 3, s.77-87