Samariterhemmet Diakoni i Uppsala grundades av Ebba Boström (1844–1902), när hon övertog Sedlighetsföreningen i Uppsalas räddningshem 1882. Därefter inrättade hon genom sin privata förmögenhet också barnhem, sjukhem för nervsjuka och ett sjukhus.
Boström planerade att starta en diakonissanstalt med egen systerkår, men denna kom till stånd först 1906, fyra år efter hennes död 1902. Diakonissanstalten startade under ledning av prästen Otto Centerwall, där diakonisslinjen inrättades 1906, den första diakonissinvigningen skedde 1912, medan diakonisshuset stod klart först 1918. Centerwall tog också initiativ till utbildning av församlingssystrar med särskild hänsyn till landsbygdens fattiga och sjuka.
Vid Samariterhemmet Diakoni bedrivs inte längre diakoniutbildning, men stiftelsen är ett centrum för diakonal verksamhet av olika slag, bland annat demensboende, gruppverksamhet och stadsmission. Stiftelsen bedriver också utbildning riktad mot vård och omsorg. Diakonistiftelsen står under ledning av en direktor, och har en omfattande anläggning med bland annat en kyrka.