Thomas Berntsson född 3 juni 1971 är en tidigare handbollsspelare. Han var vänsterhänt och spelade som högersexa och ibland högernia
Thomas Berntsson var fotbollsmålvakt till han var omkring 17 år då han valde att satsa på handbollen. Han spelade flera år i moderklubben Kärra HF men hann också med spel i flera andra klubbar. Han spelade för HP Warta 1889 till 1991 men det är oklart när han började och lämnade klubben. Han spelade för Västra Frölunda IF 1994–1995 under en säsong i elitserien men laget åkte ut och han lämnade för Redberglids IK. 1995–1999 spelade han för Redbergslids IK och vann tre SM-guld med laget 1996, 1997 och 1998. Han blev sedan proffs i Norge i IL Runar Sandefjord 1999–2001. 2000 vann han norska serietiteln med laget. Det är oklart när han avslutade sin karriär.
Thomas Berntsson spelade 15 matcher och stod för 23 mål i det svenska ungdomslandslaget 1990–1991.Han deltog i U21-världsmästerskapet i handboll för herrar 1991 och vann en silvermedalj. Han gjorde sin debut i seniorlandslaget den 26 februari 1997 i Bröndbyhallen mot Danmark och matchen slutade med svensk vinst 27-21. Sverige förlorade ingen av Berntssons fem landskamper så han har inte förlorat en seniorlandskamp. Fyra av matcherna spelades mot Danmark och den femte mot Frankrike och alla var träningslandskamper. Berntsson stod för 6 mål i landslaget