Wouter Hanegraaff studerade först klassisk gitarr på Konservatoriet i Zwolle från 1982 till 1987, och kulturhistoria på Universitetet i Utrecht mellan 1986 och 1990. Från 1992 till 1996 var han forskare vid institutionen för religionsvetenskap vid universitetet i Utrecht. 1999 blev han professor vid universitetet i Amsterdam och var från 2002 till 2006 ordförande för det holländska samfundet för religionsstudier. Sedan 2005 har han varit ordförande för European Society for the Study of Western Esotericism. 2006 valdes han in som medlem av Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (Kungliga nederländska vetenskapsakademin.
Hanegraafs arbete fokuserar främst på Hermeticismen.
Bibliografi i urval
Monografier
New Age Religion and Western Culture: Esotericism in the Mirror of Secular Thought, Brill, Leyde, 1996, State University of New York Press, Albany 1998. ISBN 978-90-04-10696-3; ISBN 0-7914-3854-6
W. J. Hanegraaff och R.M. Bouthoorn Lodovico Lazzarelli (1447-1500): The Hermetic Writings and Related Documents, Arizona Center for Medieval and Renaissance Studies, Tempe, 2005.
Swedenborg, Oetinger, Kant: Three Perspectives on the Secrets of Heaven, The Swedenborg Foundation, West Chester, Pennsylvania 2007 (Swedenborg Studies Series, no. 18) ISBN 978-0-87785-321-3.
(ed., med Ria Kloppenborg), Female Stereotypes in Religious Traditions, Brill, Leyde, 1995. ISBN 978-90-04-10290-3
(ed., med Roelof van den Broek), Gnosis and Hermeticism from Antiquity to Modern Times, State University of New York Press, Albany 1998.
(ed., med Antoine Faivre), Western Esotericism and the Science of Religion, Peeters, Louvain 1998.
(ed., med Richard Caron, Joscelyn Godwin & Jean-Louis Vieillard-Baron), Ésotérisme, gnoses & imaginaire symbolique: Mélanges offerts à Antoine Faivre, Peeters, Louvain 2001.
(ed.) Dictionary of Gnosis and Western Esotericism, Brill, Leyde, 2005. ISBN 978-90-04-15231-1
W. J. Hanegraaff Swedenborg, Oetinger, Kant: Three Perspectives on the Secrets of Heaven, The Swedenborg Foundation, West Chester (Pennsylvania), 2007 (Swedenborg Studies Series, no. 18) ISBN 978-0-87785-321-3.
(ed. med Jeffrey J. Kripal), Hidden Intercourse: Eros and Sexuality in the History of Western Esotericism, Brill: Leyde, 2008.
(ed. med Joyce Pijnenburg), Hermes in the Academy: Ten Years' Study of Western Esotericism at the University of Amsterdam. Amsterdam University Press, 2009.
(ed. med Peter J. Forshaw & Marco Pasi), Hermes Explains: Thirty Questions about Western Esotericism. Amsterdam University Press 2019, ISBN 9789463720205.