7SK RNA

Moleküler biyolojide 7SK, metazoan'da bol bulunan küçük bir nükleer RNA`dır. Pozitif transkripsiyon uzatma faktörünün P-TEFb kontrol transkripsiyonunu düzenlemede önemli bir rol oynar. 7SK kompleksinin stabilitesi ve fonksiyonunu düzenleyen diğer proteinler küçük bir nükleer ribonükleoprotein kompleksinde (snRNP) bulunur.

Yapı

İlk araştırmalar hücrelerinde 7SK'nın bir dizi protein ile birlikte ve belirtilen tarama bölgesinin sekonder yapıdaki RNA'nın farklı bölgeleri arasında baz çiftleşmesi için bir model olduğunu göstermiştir. 7SK snRNP işlevinde bir atılım bulgusu ile verilen pozitif transkripsiyon uzatma faktörü p-TEFb kompleksinin bileşenidir. 7SK, HEXIM1 veya HEXIM2 RNA bağlama proteinlerinin etkisiyle P-TEFb'nin siklin bağımlı kinaz aktivitesini birleştirir ve inhibe eder. 7SK'nın 5 'ucundaki gama fosfat, 7SK snRNP'nin kurucu bir bileşenini oluşturan metilfosfat kapatma enzimi MEPCE tarafından metilasyona tabi tutulur. La ilişkili protein LARP7'ninde, RNA'nın 3' ucu ile etkileşim yoluyla; 7SK parçasının kısmen ilişkisi bulunmuştur. SiRNA aracılı demonte tarafından MEPCE veya LARP7'ye azaltılması, in vivo olarak 7SK istikrarsızlığına yol açar. 7SK snRNP'lerin bir alt kümesi, p-TEFb ve HEXIM`den yoksundur bunun yerine hnRNPs içerir.

İşlev

7SK snRNP'nin esas işlevi, transkripsiyonun uzama fazını düzenleyen bir faktör olan P-TEFb'nin kontrolüdür. Faktörü 7SK snRNP olduğunda, p-TEFb kinaz aktivitesi inhibe edilir. P-TEFb, HIV transaktivatör tat ya da bromodomain içeren proteinin (BRD4) biri ile 7SK snRNP serbest bırakılabilir. Bu durum, 7SK RNA'nın bir konformasyonel değişikliğine ve HEXIM'in dışarı atılmasına yol açar. HnRNP'ler, P-TEFb ve HEXIM'den yoksun kompleksi stabilize eder. P-TEFb, spesifik genler üzerinde işlev gördükten sonra bilinmeyen bir mekanizma ile 7SK snRNP'ye yeniden kenetlenir. 7SK snRNP hem insan hem de Drosophila'da karakterize edilmiştir.

Kaynakça

  1. ↑ Diribarne G, Bensaude O (2009). "7SK RNA, a non-coding RNA regulating P-TEFb, a general transcription factor". RNA Biology. 6 (2). ss. 122-8. PMID 19246988. 4 Mart 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  2. 1 2 Peterlin BM, Brogie JE, Price DH (2012). "7SK snRNA: a noncoding RNA that plays a major role in regulating eukaryotic transcription". Wiley Interdisciplinary Reviews. RNA. 3 (1). ss. 92-103. doi:10.1002/wrna.106. PMC 3223291 Özgürce erişilebilir. PMID 21853533. 14 Kasım 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  3. ↑ Wassarman DA, Steitz JA (Temmuz 1991). "Structural analyses of the 7SK ribonucleoprotein (RNP), the most abundant human small RNP of unknown function". Molecular and Cellular Biology. 11 (7). ss. 3432-45. doi:10.1128/MCB.11.7.3432. PMC 361072 Özgürce erişilebilir. PMID 1646389. 6 Ocak 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  4. ↑ Nguyen VT, Kiss T, Michels AA, Bensaude O (Kasım 2001). "7SK small nuclear RNA binds to and inhibits the activity of CDK9/cyclin T complexes". Nature. 414 (6861). ss. 322-5. doi:10.1038/35104581. PMID 11713533.
  5. ↑ Yang Z, Zhu Q, Luo K, Zhou Q (Kasım 2001). "The 7SK small nuclear RNA inhibits the CDK9/cyclin T1 kinase to control transcription". Nature. 414 (6861). ss. 317-22. doi:10.1038/35104575. PMID 11713532.
  6. ↑ Michels AA, Nguyen VT, Fraldi A, Labas V, Edwards M, Bonnet F, Lania L, Bensaude O (Temmuz 2003). "MAQ1 and 7SK RNA interact with CDK9/cyclin T complexes in a transcription-dependent manner". Molecular and Cellular Biology. 23 (14). ss. 4859-69. doi:10.1128/MCB.23.14.4859-4869.2003. PMC 162212 Özgürce erişilebilir. PMID 12832472. 2 Şubat 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  7. ↑ Yik JH, Chen R, Nishimura R, Jennings JL, Link AJ, Zhou Q (Ekim 2003). "Inhibition of P-TEFb (CDK9/Cyclin T) kinase and RNA polymerase II transcription by the coordinated actions of HEXIM1 and 7SK snRNA". Molecular Cell. 12 (4). ss. 971-82. doi:10.1016/S1097-2765(03)00388-5. PMID 14580347. 24 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  8. ↑ Byers SA, Price JP, Cooper JJ, Li Q, Price DH (Nisan 2005). "HEXIM2, a HEXIM1-related protein, regulates positive transcription elongation factor b through association with 7SK". The Journal of Biological Chemistry. 280 (16). ss. 16360-7. doi:10.1074/jbc.M500424200. PMID 15713662. 21 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  9. ↑ Yik JH, Chen R, Pezda AC, Zhou Q (Nisan 2005). "Compensatory contributions of HEXIM1 and HEXIM2 in maintaining the balance of active and inactive positive transcription elongation factor b complexes for control of transcription". The Journal of Biological Chemistry. 280 (16). ss. 16368-76. doi:10.1074/jbc.M500912200. PMID 15713661.[ölü/kırık bağlantı]
  10. ↑ Jeronimo C, Forget D, Bouchard A, Li Q, Chua G, Poitras C, Thérien C, Bergeron D, Bourassa S, Greenblatt J, Chabot B, Poirier GG, Hughes TR, Blanchette M, Price DH, Coulombe B (Temmuz 2007). "Systematic analysis of the protein interaction network for the human transcription machinery reveals the identity of the 7SK capping enzyme". Molecular Cell. 27 (2). ss. 262-74. doi:10.1016/j.molcel.2007.06.027. PMID 17643375. 24 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  11. ↑ Krueger BJ, Jeronimo C, Roy BB, Bouchard A, Barrandon C, Byers SA, Searcey CE, Cooper JJ, Bensaude O, Cohen EA, Coulombe B, Price DH (Nisan 2008). "LARP7 is a stable component of the 7SK snRNP while P-TEFb, HEXIM1 and hnRNP A1 are reversibly associated". Nucleic Acids Research. 36 (7). ss. 2219-29. doi:10.1093/nar/gkn061. PMC 2367717 Özgürce erişilebilir. PMID 18281698.
  12. ↑ Markert A, Grimm M, Martinez J, Wiesner J, Meyerhans A, Meyuhas O, Sickmann A, Fischer U (Haziran 2008). "The La-related protein LARP7 is a component of the 7SK ribonucleoprotein and affects transcription of cellular and viral polymerase II genes". EMBO Reports. 9 (6). ss. 569-75. doi:10.1038/embor.2008.72. PMC 2427381 Özgürce erişilebilir. PMID 18483487. 24 Ekim 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  13. ↑ He N, Jahchan NS, Hong E, Li Q, Bayfield MA, Maraia RJ, Luo K, Zhou Q (Mart 2008). "A La-related protein modulates 7SK snRNP integrity to suppress P-TEFb-dependent transcriptional elongation and tumorigenesis". Molecular Cell. 29 (5). ss. 588-99. doi:10.1016/j.molcel.2008.01.003. PMID 18249148. 24 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  14. ↑ Krueger BJ, Varzavand K, Cooper JJ, Price DH (Ağustos 2010). Blagosklonny MV (Ed.). "The mechanism of release of P-TEFb and HEXIM1 from the 7SK snRNP by viral and cellular activators includes a conformational change in 7SK". PloS One. 5 (8). ss. e12335. doi:10.1371/journal.pone.0012335. PMC 2925947 Özgürce erişilebilir. PMID 20808803. 13 Aralık 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.
  15. ↑ Nguyen D, Krueger BJ, Sedore SC, Brogie JE, Rogers JT, Rajendra TK, Saunders A, Matera AG, Lis JT, Uguen P, Price DH (Temmuz 2012). "The Drosophila 7SK snRNP and the essential role of dHEXIM in development". Nucleic Acids Research. 40 (12). ss. 5283-97. doi:10.1093/nar/gks191. PMC 3384314 Özgürce erişilebilir. PMID 22379134.
  16. ↑ C Quaresma AJ, Bugai A, Barboric M (Eylül 2016). "Cracking the control of RNA polymerase II elongation by 7SK snRNP and P-TEFb". Nucleic Acids Research. 44 (16). ss. 7527-39. doi:10.1093/nar/gkw585. PMC 5027500 Özgürce erişilebilir. PMID 27369380. 20 Haziran 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi28 Aralık 2016.