Holozoa, mantarlardan çok hayvanlarla daha yakından ilişkili tüm organizmaları içeren bir dal olduğundan, bazı yazarlar onu çoğunlukla Holozoa eksi hayvanlardan oluşan parafiletik grupları tanımak için tercih eder.
Belki de hayvanlardan ayrı olarak en iyi bilinen holozoanlar, süngerlerin yaka hücrelerine çok benzeyen ve bu nedenle 19. yüzyılda bile süngerlerle ilgili olduğu teorize edilen koanoflagellatlardır.Proterospongia, süngerlerin kökenine ışık tutabilecek bir kolonyal choanoflagellate örneğidir.
Diğer tek hücreli holozoanların yakınlıkları ancak 1990'larda tanınmaya başlandı. Icthyosporea veya Mesomycetozoea alt sınıflandırması, çoğunlukla parazitik türler içerir. Amoeboid cinsleri Ministeria ve Capsaspora, ipliksi psödopodların yapısıyla Filasterea adlı bir grupta birleşmiş olabilir. Koanoflagellatlarla birlikte, filasterlerhayvanlarla yakından ilişkili olabilir ve bir analiz, onları Filozoa kladına dahil olarak gruplandırdı.
Filogeni
2011 multigen analizine dayanan filogenetik ağaç aşağıda gösterilmiştir. Kladların kaç milyon yıl önce (myö) daha yeni dallara ayrıldığı belirtilir. Holomycota ağacı Tedersoo ve ark. tarafından oluşturulmuştir.
12Hehenberger (2017). "Novel Predators Reshape Holozoan Phylogeny and Reveal the Presence of a Two-Component Signaling System in the Ancestor of Animals". Current Biology. 27 (13): 2043-2050.e6. doi:10.1016/j.cub.2017.06.006. PMID28648822.
↑Elias (August 2009). "The RJL family of small GTPases is an ancient eukaryotic invention probably functionally associated with the flagellar apparatus". Gene. 442 (1–2): 63-72. doi:10.1016/j.gene.2009.04.011. PMID19393304.
↑Torruella (21 Eylül 2015). "Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi". Current Biology (İngilizce). 25 (18): 2404-2410. doi:10.1016/j.cub.2015.07.053. ISSN0960-9822. PMID26365255.
↑Laura Wegener Parfrey; Daniel J.G. Lahr; Andrew H. Knoll; Laura A. Katz (16 Ağustos 2011), "Estimating the timing of early eukaryotic diversification with multigene molecular clocks", Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 108 (33), Bibcode:2011PNAS..10813624P, doi:10.1073/PNAS.1110633108, PMC3158185, PMID21810989,WikidataQ24614721
↑Tedersoo (2018). "High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses". Fungal Diversity (İngilizce). 90 (1): 135-159. doi:10.1007/s13225-018-0401-0. ISSN1560-2745.