
Martin Heinrich Rathke (25 Ağustos 1793 Danzig - 3 Eylül 1860, Königsberg) Alman embriyolog ve anatomici. Karl Ernst von Baer ve Christian Heinrich Pander ile birlikte modern embriyolojinin kurucularından kabul edilir. Kimyager Bernhard Rathke'nin (1840–1923) babasıdır.
Deniz canlıları ve seks organlarının embriyonik gelişimi üzerine çalışmıştır. Memeli ve kuş embriyolarındaki brankiyal yarıkları ve solugungaç yaylarını (solungaç yarıkları) tanımlayan ilk kişidir. 1839'da hipofiz bezinin ön lobunun geliştiği, rathke kesesi olarak bilinen embriyonik yapıyı tanımlamıştır.
Batrakın, daha önce düşünüldüğü gibi yumuşakça larvası değil, ayrı bir takson olduğunu keşfetmiştir. Kabuklular, yumuşakçalar, solucanlar, lemmingler ve çeşitli sürüngenler üzerine çalışmalar yapmıştır.