Ada ilk kez 1694 yılında İspanyol kaptan Manila Galleon keşfedilmiştir. 19. yüzyılın ortalarına kadar adanın koordinatları tam olarak belirlenememiştir. 1874 yılında ada bir Amerikan araştırma gemisi tarafından incelenir. Beş yıl sonra adaya ilk kez Japonlar ayak bastı ve ada 24 Temmuz 1898 tarihinde Japonya tarafından ilhak edilir. 1935 yılında adada Japon İmparatorluk Donanması tarafından bir meteoroloji istasyonu ile uçuş pisti inşa edildi. II. Dünya Savaşı döneminde adaya 4,000 asker yerleştirilmişti. Savaştan sonra San Francisco Antlaşması ile Minami Torishima diğer Ogasawara Adaları ile birlikte da ABD hakimiyetine geçti. 1968 yılından ada tekrar Japonya'ya iade edildi.
Minamitorishima, Japonya'nın en doğusundaki toprağı olup Japonya Çukuru'nu geçen Pasifik levhasındaki tek Japon toprağıdır. Küçük yüzölçümüne karşın Japonya'nın münhasır ekonomik bölgesini büyük ölçüde genişlettiğinden oldukça büyük bir stratejik öneme sahiptir.
↑Article 3 of Treaty of San Francisco: "Japan will concur in any proposal of the United States to the United Nations to place under its trusteeship system, with the United States as the sole administering authority, Nansei Shoto south of 29° north latitude (including the Ryukyu Islands and the Daito Islands), Nanpo Shoto south of Sofu Gan (including the Bonin Islands, Rosario Island and the Volcano Islands) and Parece Vela and Marcus Island. Pending the making of such a proposal and affirmative action thereon, the United States will have the right to exercise all and any powers of administration, legislation and jurisdiction over the territory and inhabitants of these islands, including their territorial waters."